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miRTarBase数据库

介绍

miRTarBase数据库是一个专门收集有实验证据支持的microRNA-mRNA靶向关系(MTI, MicroRNA-Target Interactions)的数据库。自miRTarBase数据库于2011年首次亮相以来,miRNA与靶基因相关信息的数据库不断更新。该数据库已经收录了超过8,500篇关于miRNA-靶标相互作用的实验支持文章。随着新发布的CLIP-seq数据集的增加,新miRTarBase中的MTI集合超过500,000。作者通过改进NLP(自然语言)技术,搜集到更多靶向关系对以及他们的网络功能和注释信息。数据库网址:http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html

目前miRTaebase数据库已经更新到miRTaebase7.0,从上图中我们看到该数据库包含了23个物种,共计23054个靶基因。

特点

miRTarBase数据库比较受欢迎的特点:

  1. 保持更新 miRTarBase数据库一直在更新,收录的数据也越来越多。包含的证据:Western blot、Report assays 、pSILAC(pulsed SILAC)、Microarray、qRT-PCR等。且整合其他的含实验证据的miRNA靶基因数据库 TarBase、miRecords、miR2Disease。
  2. 支持多方面的在线查询方式 支持针对miRNA及靶基因,代谢通路,验证方法,相关疾病等多方面的查询
  3. 支持数据下载 在线查询,针对少量的miRNA,比较方便,但是如果要想对批量的miRNA进行分析,还是最好能将数据下载到本地进行分析,而该数据库支持数据的下载,非常的方便。
  4. 区分强实验证据和弱实验证据。前者包括Western blot、Report assays、Branched DNA probe assay,后者包括pSILAC(pulsed SILAC)、Microarray、5"RACE、ELISA、Immunoblot等。

数据库构建过程

① 用关键字【microRNA targets】或【miRNA targets】等在PubMed中查找文献并获取全文。 ② 全文检索,文本挖掘,寻找和MTIs实验有关的信息。 ③ 对进一步检索得到的文献每篇均由至少2人进行人肉检索验证。

使用过程

使用步骤:1、点击search。2、默认选by miRNA,当然个可以根据自己的需求选择其他选项。3、选择species物种为human sapiens人类。4、选择miRNA ID。5、输入想要查询的miRNA ID。6、submit提交等待结果。

我们可以看到结果包含我们输入的miR-146a-5p以及它的靶基因,同时有各类实验证明的该靶向关系。

下载

一般来说,如果miRNA数量较多时,最好可以下载到本地进行分析。而miRTarBase数据库刚好提供了下载页面,其包含更全面的下载数据。

http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/download.php

image.png

从上图可以看出,我们可以根据物种,或者实验类型等选择来下载所需的数据集。

我们以人类为例,我们下载的hsa_MTI数据集,包含着miRNA及靶基因,实验类型、证据强弱、文章ID等等。

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