终极篇：3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析-气泡图

干货预警：3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析（2），给大家详细讲解了DAVID网站的使用，通过分步操作，带领大家学习了使用DAVID工具来进行GO和KEGG分析。今天，我们重点讲解如何将DAVID中的功能富集的结果转换成正式的Figure，有请小猎豹。

多图&多视频预警，轻点可看详细内容

干货预警：3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析（2）文章的结尾，我们得到了一个基因列表的功能富集结果（如下图所示）。但如果想把结果最展示在文章中（箭头所指），还需要一些绘图的操作。今天，我们就重点来讲解 如何将DAVID中的功能富集的结果转换成正式的Figure。

阅读文献时，大家遇到最多的就是柱状图（一般是水平柱状图），柱子的高低与p-value相关，柱子越高则越显著。我也问过很多人，喜欢哪种图片来展示功能富集的结果，曾经有人跟我说，特别喜欢那种大大小小的彩点图……

我想了一下，觉得这位耿直的同学说的应该是高级气泡图，想必有不少人见过气泡图，却不知道应该怎么做，连现成的工具也找不到。那么，今天的绘图操作，我们就来给大家详细讲讲如何通过气泡图来展现GO/KEGG功能富集的结果。（由于微信公众平台对视频数目的限制，无奈把柱状图和气泡图分为两篇讲解，需要柱状图教程的同学请关注“科研猫”公众号查看）。

气泡图

气泡图的制作相当复杂，如果手上有现成的文献使用了气泡图来表征功能富集分析的结果，也可以拿出来看一下。首先我们看x轴是Gene Ratio，对应的就是DAVID结果表格中的“%”一列；y轴是富集出来的通路或者GO Term；点的大小表示Gene数；点的颜色最为重要，代表P值的高低。

所以，图确实很好看，但是做起来实属不易，目前还没有遇到有现成的绘图软件可以帮我们做这样的图片。那怎么办呢？嘿嘿，让小猎豹来教教大家吧。前面的推文中，我们也讲解过R语言，R语言可以说是目前最为流行、最为强大的统计绘图工具，相信我们大家都听说过。即使你对R语言了解不深，不要紧，我们帮大家把代码都写好了，直接运行即可。如果你还没有安装R语言，请参考我们前面的推文（生物信息系列课程-R语言入门）。在运行这个R代码之前呢，需要安装两个R包ggplot2和Hmisc，然后直接运行bubblePlot.R即可。具体运行过程可见下面短视频，可谓一气呵成，无需数据转换等繁琐步骤，而且最终生成的图极其细致，把首字母大写，字段截取，数字下标等细节都做好了。

相信有不少同学对R语言还是不太熟悉，在运行代码的过程当中可能还会遇到不同的问题，可以在文末的留言板中留言哦，小猎豹会及时帮大家解决的。再次强调，操作所需的代码（话说这个代码曾经买到几百块哦）和测试数据可免费获取，识别文末二维码，联系折耳猫小姐姐即可。

到现在为止，关于GO/KEGG功能富集分析就讲完了。我啰哩啰嗦地分了三篇文章来给大家讲解，主要目的是为了让大家彻底搞懂功能富集分析的含义，并掌握具体的操作步骤。当大家真正熟悉了以后，实际操作大概在几分钟时间就可以完成。为了让大家把前面的操作都串联起来，方便学习记忆，在这里我把功能富集分析的一整套操作录制成视频，希望大家能够真正掌握这一实用分析。

原文详情：科研猫