终极篇:3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析-气泡图

干货预警:3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析(2),给大家详细讲解了DAVID网站的使用,通过分步操作,带领大家学习了使用DAVID工具来进行GO和KEGG分析。今天,我们重点讲解如何将DAVID中的功能富集的结果转换成正式的Figure,有请小猎豹。

多图&多视频预警,轻点可看详细内容

干货预警:3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析(2)文章的结尾,我们得到了一个基因列表的功能富集结果(如下图所示)。但如果想把结果最展示在文章中(箭头所指),还需要一些绘图的操作。今天,我们就重点来讲解 如何将DAVID中的功能富集的结果转换成正式的Figure

阅读文献时,大家遇到最多的就是柱状图(一般是水平柱状图),柱子的高低与p-value相关,柱子越高则越显著。我也问过很多人,喜欢哪种图片来展示功能富集的结果,曾经有人跟我说,特别喜欢那种大大小小的彩点图……

我想了一下,觉得这位耿直的同学说的应该是高级气泡图,想必有不少人见过气泡图,却不知道应该怎么做,连现成的工具也找不到。那么,今天的绘图操作,我们就来给大家详细讲讲如何通过气泡图来展现GO/KEGG功能富集的结果。(由于微信公众平台对视频数目的限制,无奈把柱状图和气泡图分为两篇讲解,需要柱状图教程的同学请关注“科研猫”公众号查看)。

气泡图

气泡图的制作相当复杂,如果手上有现成的文献使用了气泡图来表征功能富集分析的结果,也可以拿出来看一下。首先我们看x轴是Gene Ratio,对应的就是DAVID结果表格中的“%”一列;y轴是富集出来的通路或者GO Term;点的大小表示Gene数;点的颜色最为重要,代表P值的高低。

所以,图确实很好看,但是做起来实属不易,目前还没有遇到有现成的绘图软件可以帮我们做这样的图片。那怎么办呢?嘿嘿,让小猎豹来教教大家吧。前面的推文中,我们也讲解过R语言,R语言可以说是目前最为流行、最为强大的统计绘图工具,相信我们大家都听说过。即使你对R语言了解不深,不要紧,我们帮大家把代码都写好了,直接运行即可。如果你还没有安装R语言,请参考我们前面的推文(生物信息系列课程-R语言入门)。在运行这个R代码之前呢,需要安装两个R包ggplot2和Hmisc,然后直接运行bubblePlot.R即可。具体运行过程可见下面短视频,可谓一气呵成,无需数据转换等繁琐步骤,而且最终生成的图极其细致,把首字母大写,字段截取,数字下标等细节都做好了。

相信有不少同学对R语言还是不太熟悉,在运行代码的过程当中可能还会遇到不同的问题,可以在文末的留言板中留言哦,小猎豹会及时帮大家解决的。再次强调,操作所需的代码(话说这个代码曾经买到几百块哦)和测试数据可免费获取,识别文末二维码,联系折耳猫小姐姐即可。

到现在为止,关于GO/KEGG功能富集分析就讲完了。我啰哩啰嗦地分了三篇文章来给大家讲解,主要目的是为了让大家彻底搞懂功能富集分析的含义,并掌握具体的操作步骤。当大家真正熟悉了以后,实际操作大概在几分钟时间就可以完成。为了让大家把前面的操作都串联起来,方便学习记忆,在这里我把功能富集分析的一整套操作录制成视频,希望大家能够真正掌握这一实用分析。

原文详情:科研猫

原文发布于微信公众号 - 科研猫(DoctorTommy)

原文发表时间:2019-02-16

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