终极篇：3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析-柱状图

在干货预警：3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析（2），给大家详细讲解了DAVID网站的使用，通过分步操作，带领大家学习了使用DAVID工具来进行GO和KEGG分析。今天，我们重点讲解如何将DAVID中的功能富集的结果转换成正式的Figure，有请小猎豹。

多图&多视频预警，轻点可看详细内容

在干货预警：3分钟搞定GO/KEGG功能富集分析（2）文章的结尾，我们得到了一个基因列表的功能富集结果（如下图所示）。但如果想把结果最展示在文章中（箭头所指），还需要一些绘图的操作。今天，我们就重点来讲解 如何将DAVID中的功能富集的结果转换成正式的Figure。

阅读文献时，大家遇到最多的就是柱状图（一般是水平柱状图），柱子的高低与p-value相关，柱子越高则越显著。我也问过很多人，喜欢哪种图片来展示功能富集的结果，曾经有人跟我说，特别喜欢那种大大小小的彩点图……

我想了一下，觉得这位耿直的同学说的应该是高级气泡图，想必有不少人见过气泡图，却不知道应该怎么做，连现成的工具也找不到。那么，今天的绘图操作，我们就分为两部分：柱状图 and 气泡图，来给大家详细讲讲如何通过这两种图来展现GO/KEGG功能富集的结果。（由于微信公众平台对视频数目的限制，无奈把柱状图和气泡图分为两篇讲解，需要气泡图的同学请关注“科研猫”公众号查看）

柱状图

本文所用的数据即上次演示DAVID操作时所用的数据（大家可以通过识别文末的二维码，向“折耳猫小姐姐”索取）。话说柱状图的制作相当简单，方法也众多，比如Excel，Graphpad prism，SPSS，SAS，Matlab，R等众多软件，这里我们就说最简单实用的—Excel。下面是实战演示，依旧是分步讲解：

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Step1：保存数据。将DAVID的结果保存到我们的本地电脑当中，保存文件我推荐用文本文件，即txt文件。原因是用各种编程语言和软件处理起来比较方便。怎么保存呢？非常简单。在你的电脑文件夹中新建一个空白的文本文件，在结果页面中点击“Download File”，进入到结果详情页面，然后一次运行几个快捷键即可，Ctrl+A（全选）- Ctrl+C（复制）-打开空白的文本文件- Ctrl+V（粘贴）- Ctrl+S （保存）- 关闭文本文件即可。

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Step2：导入数据。打开Excel，导入数据，将文本文件导入Excel当中。这个步骤相信大家都能操作吧，如果是Windows系统，直接把文件拖过去就好了。为了避免有些时候打开不成功，我们通过“数据”-“自文本”的方法导入数据。

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Step3：数据转换。在作图之前的我们需要对数据进行一定的处理。假定我们就按照最常见的水平柱状图来做，那么图片的x轴就是-log10(P value)，我们需要使用函数把P value转换一下，需要用到一个Excel当中的函数叫做-LOG10()，同时图片的y轴是GO term或者KEGG pathway，这些语义词汇的前缀都带有GO:xxxxxxx~或者hsa:xxxxxx~，为了让我们的figure更简洁明了，我们需要把这些没用的前缀删除，怎么删掉呢？我们需要用到MID()函数。具体操作如下。

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Step4：绘制图形。得到转换好的数据之后，我们就开始作图啦！一般情况下，GO/KEGG富集出来的结果常规显示top10或top15的数据，因此我们这里选择前10行展现出来。怎么做呢？这个相信大家都会的，直接Excel中“插入”-“图表”即可。

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