SRA数据库的数据并不一定要在SRA数据库下载

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导读

在GEO下载测序数据，首先要找到GSE号，然后找到SRR号，最后prefetch就0K了！

但是路走多了什么样的坑都容易遇到，比如下面这个:

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任务

首先，我需要下载一个数据集SRP058243，我想这还不简单吗，直接就有就顺着思路去找到了每个样本的SRR号

一来就是prefetch, 结果就悲催了，满屏的下载失败。

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探索一下失败原因

报错怎么办？肯定得搜索呀

经过搜索我就知道了，嘿嘿，原来我们用prefech下载的数据都在https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/可以找到，但是我发现这里面的数据是没有我要下载的SRR，此时想起了，jimmy老师说的“敲命令不是随便乱敲的，它存在我们才写”，其实下载数据同样如此，你下载的数据的地方要有你的数据你才可以下载，数据都没有你下载个啥呢，虽然有的软件很方便像conda，prefetch，但我们同样需要对他们所做的事有所了解，这样才能避免报错的时候，一脸懵逼。

知道了是数据缺失了之后，菜鸟的我自觉得这是一个无法被解决的问题？数据都没了，我能做个啥啊，对吧。

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求助老师

然后我就发邮件跟jimmy大神汇报这个问题，很快，他就发了我两个地址：SRP058243在DRA，ERA的位置。

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继续探索

然后我也搜索了一下，这两个应该也是存放数据的地方类似于SRA， 找到地址了，接下来肯定是下载起来啦（大神一句话，菜鸟跑半年，这句话还是有道理的）

有链接地址，还想啥，wget啊，但是看到下面的网速可能你会崩溃

prefetch好像又不行，只剩下ascp啦，接下来就行自己上网搜索ascp如何实现ERA快速下载

一看网速还行，但是我不可能一个一个下吧，四十多个我得做四十多遍，四百多个我不就炸了

这时候jimmy老师经常强调的要善于观察url的规律涌上了心头，那我就复制几个看看

还真有规律，但是你让我用代码把他写出来，可能不太现实，但是笨人总有笨办法（毕竟是能把B站GEO代码，一个字一个字抄下来的傻逼，还怕这个），直接用excel做好，然后写个循环就可以坐等数据了。

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结语

所以呢，这个问题说简单也简单，但是前提是你对这些数据库有足够的了解。