专栏首页医学生物信息学这个网站提供了多种数据分析工具——增强子,非编码RNA转录信息等

这个网站提供了多种数据分析工具——增强子,非编码RNA转录信息等

今天给大家介绍一个在线工具

网址:http://www.licpathway.net/

该工具由哈尔滨大学开发的,该团队通过结合系统生物学、计算生物学和生物信息学方法来分析与疾病相关的途径。对疾病代谢途径的识别、药物相关途径的分析和患者生存预测。在高通量转录组学、基因组学和代谢组学、计算代谢网络分析和分子生物学方法方面,采用独特的生物信息学方法组合。下面是他们开发的6个工具:

SEdb

超级增强子是一类具有增强相关染色质特征的转录活性增强子。与典型的增强子相比,超级增强子体积更大,表现出更高的转录因子密度,并且常常与控制体细胞状态和分化的关键系特异性基因相关。

SEdb是一个全面的人类超级增强器数据库(SEdb,http://www.licpathway.net/sedb),提供关于人类超级增强器的大量可用资源。用超级增强子在基因调控中的潜在功能对数据库进行注释。SEdb的当前版本记录了来自542个样本的总共331,601个超级增强剂。此外,SEdb提供了关于超级增强子的详细遗传和表观遗传注释信息。信息包括共同的SNP,基序变化,表达数量性状位点(EQTL),风险SNP,转录因子结合位点(TFBS),CRISPR/Cas9靶位点和DNase I超敏位点(DHSS),用于深入分析超级增强子。SEdb将有助于阐明超级增强子相关功能并发现潜在的生物学效应。

SEanalysis

SEanalysis包含来自540多种类型的细胞/组织的超过33万个SE,从这些细胞/组织生成的5042TF chip-seq数据,用于∼700人TF的DNA结合序列基序和来自10个数据库的2880条途径。SEanalysis支持通过Se、Samples、TF、路径或基因进行搜索。由这些因素形成的复杂的调控网络可以交互式地可视化。此外,SEanalysis是一个可定制的基因组浏览器,该服务器可在http://licpathway.net/SEanalysis.免费获得

TRlnc

人类转录调控的综合数据库lncRNA(TRlnc:http://www.licpathway.net/TRlnc),收集了大量可用的lncRNA转录调控区资源,并注释和说明它们在细胞类型特异性方式中在lncRNA调控中的潜在作用。当前版本的TRlnc包含8683028个典型增强子/超级增强子和32348244个与91906人lncRNA相关的染色质可及区。这些区域是从900多个人类H3K27ac芯片-seq,atac-seq和dNase-seq样本中鉴定出来的。此外,TRlnc提供了lncRNA转录调控区(启动子、增强子/超级增强子和染色质可及区)的详细(Epi)遗传信息,包括普通SNP、风险SNP、eQTL、连锁不平衡SNP、由模体预测的TF、由CHIP-SEQ鉴定的TF、450K阵列的甲基化位点、全基因组鸟枪式亚硫酸氢盐测序的甲基化位点,组蛋白修饰和3D染色质相互作用,特别是支持来自7000多个TF chip-seq样本的与转录调节区结合的TF的展示。此外,TRlnc整合了来自多个来源的表达、疾病和与lncRNA相关的miRNA。

TRCirc

TRCirc(http://www.licpathway.net/TRCirc))为CircRNA的转录调控信息的高效检索、浏览和可视化提供了一种资源。TRCirc的当前版本记录了来自100多种细胞类型的92375个circRNA和161个转录因子(TF),它们共同代表了超过765000个TF-circRNA调节关系。此外,TRCirc还提供了关于circRNA转录的其他调控信息,包括它们的表达、甲基化水平、调节区中的H3K27ac信号以及与circRNA相关的超级增强子。TRCirc提供了一个方便的、用户友好的界面来搜索、浏览和可视化关于这些circRNA的详细信息。

KnockTF

TF敲除/敲除的全面的人类基因表达谱数据库(KnockTF),该数据库提供了与TF敲除/敲除相关的人类基因表达谱数据集的大量可用资源,并以组织/细胞类型特定的方式注释TF及其目标基因。当前版本的KnockTF具有570个手动策划的RNA-seq和微阵列数据集,这些数据集与通过不同敲除/敲除技术和跨多种组织/细胞类型而中断的308个TF相关联。KnockTF不仅提供感兴趣的TF的目标基因的全面基因表达信息,而且收集TF的上游通路信息和下游目标基因的各种功能注释和分析结果,包括GSEA、GO富集、KEGG通路富集、层次聚类分析和差异表达分析。KnockTF进一步提供了与靶基因的启动子、超级增强子和典型增强子结合的TF的详细信息。此外,还构建了TF差异表达基因网络,并用于对感兴趣的基因集进行网络分析,如子网络定位、拓扑分析和超几何富集。KnockTF将有助于阐明TF相关功能并挖掘潜在的生物学效应。

ENDB

ENDB当前发布的文献737份经实验验证的增强子及其相关信息,包括384个靶基因,263个TF,110种疾病和人类和小鼠中的153种功能。此外,增强子相关信息得到了实验证据的支持,如RNAi,体外敲除,western blotting,qRT-PCR,荧光素酶报告实验,染色质构象捕获(3C)和染色体构象捕获芯片(4C)分析。ENDB提供了一个用户友好的界面来查询、浏览和可视化增强器的详细信息。该数据库可在以下网址获得:

http://www.licpathway.net/ENdb.

本文分享自微信公众号 - MedBioInfoCloud(MedBioInfoCloud),作者:DoubleHelix

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原始发表时间:2019-11-10

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