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UCSC Xena:癌症基因组学数据分析平台

UCSC Xena是一个癌症基因组学数据分析平台,支持对癌症样本的多种组学数据进行可视化和分析,网址如下

https://xenabrowser.net/

该平台内置了一些公共数据集,比如来自TCGA, ICGC等大型癌症研究项目的数据,不仅可以对数据进行分析,而且还提供了对应文件的下载功能。同时还支持对自己的数据进行分析,而且保证了数据的安全性,不用担心上传之后被别的用户窃取到。

支持下列多种类型数据的展示

  1. snv/indel
  2. SV
  3. CNV
  4. gene/transcript/protein expression
  5. DNA methylation
  6. ATAC-seq signals
  7. phenotypic/clinical/sample annotations

内置数据集的下载链接如下

https://xenabrowser.net/datapages/

包含了下图所示的多种来源的数据集

而且这里的数据是整理之后的,TCGA部分数据截图如下

以TCGA Lung Cancer为例,点击之后可以看到详细的数据集,示意如下

以IlluminaHiSeq数据集为例,点击对应的链接可以看到该数据集的下载链接以及数据的一个概述,示意如下

对于TCGA等公共数据集而言,从该平台下载也非常的方便,直接下载的就是整理好之后的结果,方便后续分析。

通过该平台,可以方便的展示多组学的数据,示意如下

也可以进行生存分析,结果如下所示

官网也提供了详细的帮助文档和对应的示例,更多用法请参阅官方文档。

本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册(gh_0146e37a8a70),作者:lzyg

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2019-06-20

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