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在之前的文章中，我们介绍了列线图的含义和构建方法，本文重点介绍下绘制列线图的代码，经典的列线图如下所示
列线图，也叫诺莫图，在肿瘤研究的文章中随处可见，只要是涉及预后建模的文章，展示模型效果除了ROC曲线，也就是列线图了。那么列线图究竟是什么，列线图怎么得到，从图...
每一行表示一个study，用errorbar展示log odds ratio值的分布，并将p值和m值标记在图中。森林图主要用于多个study的分析结果的汇总展示...
在之前的文章中，我们分享了多个基因差异分析的可视化，使用的是ggpubr这个R包，ggpubr在标记p值时，可以根据指定的差异分组自动添加组间的连线，非常方便，...
在之前的文章中，我们介绍了桑基图的可视化原理，而冲击图作为桑基图的一个子类，其展示的信息和桑基图基本一致，只不过在输入数据的格式上要略作调整。
下图是来自文献中的一个示例图，展示了不同亚型之间risk score值的差异分析结果
graphpad是一款商业化的绘图软件，支持多种可视化形式，而且样式美观，下图就是其典型的输出
Sankey Diagram, 也叫做桑基图，是一种展示数据流的可视化方式，一张典型的桑基图示例如下
回归我们并不陌生，线性回归和最小二乘法，逻辑回归和最大似然法，这些都是我们耳熟能详的事物，在生物信息学中的应用也比较广泛, 回归中经常出现两类问题，欠拟合和过拟...
在之前的文章中分享了一致性聚类的原理，本文介绍下如何用R语言进行分析。ConsensusClusterPlus这个R包，就是专门用于一致性聚类分析的，为了简化调...
热图是最常见的基因表达量数据的可视化方式，将每个单元格的表达量按照数值高低映射为不同的颜色，可以直观展示表达量在不同样本间的分布，再综合聚类的结果和基因/样本的...
需要注意的是，在校正批次效应之前，表达量数据必须经过归一化操作，而且去除了缺失的基因，比如在80%的样本中没有表达量的基因。
在数据分析中，经常会看到进行batch effect校正的分析，那么batch effect到底是什么，在我们自己的数据中存不存在batch effect,...
来自KEGG和Reactome两个数据库，本文主要介绍下从这两个数据库获取基因列表的方法
在NAD+代谢相关的文献中，使用了两批illumina beadchip的芯片数据进行分析，本文以其中一篇数据为例，详细展示该平台的数据处理流程。
后缀为cel的芯片文件，对应的芯片平台为Affymetrix, 针对这一平台的数据，可以通过R包affy来读取，读取时我们需要以下两种文件
分析芯片数据，我们首先需要确定芯片平台。不同的芯片平台技术不同，既有单通道，也有双通道，而且输出文件的格式也不同。
对于芯片数据而言，在分析之前，需要先进行背景校正background correct。所谓背景校正，其本质上都是一个减法，将总体信号看做由探针特异性的结合信号(...
和GEO数据库类似，ArrayExpress是属于EBI旗下的公共数据库，用于存放芯片和高通量测序的相关数据，网址如下
在NAD+代谢相关基因的文章中，针对来自GEO数据库的ALS患者的表达谱数据进行了挖掘，本文就以这两批GEO数据为例，来详细展示原始数据的下载过程
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