专栏首页生信修炼手册3DIV:染色质空间互作数据库

3DIV:染色质空间互作数据库

3DIV全称如下

3D-genome Interaction Viewer and databse

是一个染色质空间互作的数据库,通过该数据库可以查询与某个感兴趣的染色质区域互作的所有染色质片段信息,是一种one-to-all的查询模式,对应的文章发表在Nucleic Acids Research上,链接如下

https://academic.oup.com/nar/article/46/D1/D52/4584622

数据库网址如下

http://kobic.kr/3div/

利用GEO等公共数据库下载Hi-C原始数据进行分析,得到染色质互作信息。对于染色质区域,进一步提供了以下3种注释信息

  1. gene annotation
  2. gwas snp annotaion
  3. chip singal annotation

数据库中存储的所有信息如下图所示

对于输入的特定染色质区域,首先是记录了hi-c图谱中与之互作的染色质区域,其次提供了该区域内各种组蛋白修饰的信号分布,对应的基因和位于该区域内的疾病相关的snp位点。

该数据库的查询功能分为下图所示的三个模块

1. Interaction Table

该模块用于查询某段染色质区域对应的互作信息,支持输入染色质区域,基因名称,rs号3种数据格式,查询结果如下所示

输出特定样本中与查询区域存在互作的bin区域,并给出对应的距离,以及归一化前后的互作频率,后续的其他列为bin区域对应的注释信息。

2. Interaction visualization

该模块用于查看指定区域的hi-C图谱,结果示意如下

蓝色三角形表示拓扑关联结构域TAD, 中间部分为输入的区域与其他bin的互作频率,蓝色柱子为原始的频率,粉红色的散点为校正之后的互作频率,其中的绿色水平线是过滤的阈值,大于该阈值的两个互作染色质区域会通过最下方的曲线来连接。

3. Comparative interaction visualization

该模块用于比较多个样本中染色质互作信息,结果示意如下

可以看到在vs信息栏中不同样本分别用红色和蓝色表示,而Hi-C图谱中也是对应蓝色和红色,其中蓝色区域代表该区域的互作频率在蓝色样本中高,红色区域代表该区域的互作频率在红色样本中高,下面的图的含义和模块II中相同。

通过该数据库,可以检索和查看基于hi-c数据的染色质互作信息。

本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册(gh_0146e37a8a70),作者:lzyg

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原始发表时间:2019-05-26

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