图形化开放式生信分析系统开发 - 5 生信分析流程服务器端运行

在上文图形化开放式生信分析系统开发 - 4 生信分析流程的图形化设计 讨论了生信分析pipeline的图形化，如何用图形的方式显示生信pipeline，但是pipeline脚本按照变量的形式保存之后，如何运行，在什么环境下运行？是本文要解决的问题。

运行方式：本地 VS 远程

1. 本地模式：

• 优势：容易实现，运行效率高，不依赖网络
• 劣势：限制了软件的适用范围，本机性能就决定了分析性能，不易扩展，限于运算量较低的业务。

2. 远程模式：

• 优势：便于扩展，部署方便。本程序作为控制端，可以和分析端部署在一台机器，也可以通过联网方式连接。这样就可以把控制端单独部署，控制一个服务器集合>从单台到简单的集群
• 劣势：增加了编程复杂度；需要编程实现与服务器端的交互，并保持长连接，时刻保持通信。分析过程状态、服务器运行状态，需要由服务器端推送到用户端。

综合考虑，结合软件设计目标，这里选择远程模式

运行服务器节点：

1. 服务器节点信息： 经常手动分析脚本的朋友大家的习惯可能是，ssh远程登录Linux服务器，在shell控制台输入各种脚本，软件。这里首先要解决的就是服务器信息的保存，操作。根据日常习惯归纳实现后，上图：

1.

首先这里实现了，服务器账户信息的管理，账户、主机名、端口、密钥、密码，这些信息为了保证安全，需要二次加密，不能将密码明文保存在数据库中，一旦泄漏危害巨大

针对分析流程，按照约定定义了两个变量：${data}数据输入目录，${result}输出目录

1. 考虑到并行运算，这里设置了该账户可以并行运行的任务数量，已经连续运行任务的最小时间间隔。
2. 前文中，针对pipeline里的变量，每个服务器账户对应一组变量，彼此独立，互相隔离。
3. 针对服务器状态，提供状态按钮来验证是否符合要求。网络状态、变量值是否符合要求
4. Web终端应急操作，可以点击终端按钮直接打开shell，手动操作，见下图:

运行的方式：

之前系统设计时所做的准备：

1. 通过图形化设计之后获得的pipeline脚本
2. 对应于服务器账户信息中的变量
3. 录入系统的样本信息：样本编号，${sn} Run ID ${id}等等

通过将保存的shell脚本，将脚本变量用以上信息替换为实际需要运行的脚本，通过远程连接发送指令在服务器上运行

运行的过程：状态监控，结果的判断

1. 发送完脚本，服务器端运行状态需要和控制端保持连接，监控运行状态，获取运行输出。
2. 运行完成后服务器端推送信息到控制端，判断是否符合要求，输出文件是否存在
3. 运行失败后服务器端推送信息到控制端，显示错误信息，错误日志，便于生信开发人员查找错误
4. 统计每一个分析步骤的运行时间，便于统计分析

运行的结果：

1. 如果需要获取分析结果文件的，这时候需要将该文件下载至本系统指定目录中。

1. 如果需要将分析结果vcf，csv等格式文件保存于数据库，按照前文中，pipeline图形化中设计格式，读取文件保存于系统数据库中。 收集标准化的数据，累积数据，为以后数据挖掘，回归分析做好准备