使用Django框架开发的第一个简易web程序：计算fasta序列长度和GC含量

用户7010445

发布于 2020-03-02 16:38:30

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发布于 2020-03-02 16:38:30

Django是python写成的开放源代码的web应用框架

本次使用的基础配置 python版本：3.6.3 Django:2.2 Windows10系统 如何查看Django版本

import django
django.__version__

流程

新建一个Calculate_Seq_Length_20190815_v1文件夹，使用windows下的命令行进入这个文件下，使用如下命令新建工程

这里推荐 cmder 这个小工具。

django-admin startproject SeqLength

此时目录下多了一个SeqLength文件夹

然后进入这个文件夹，创建新的应用

cd SeqLength
python manage.py startapp seqLengthapp

image.png

进入seqLengthapp文件下新建templates文件夹用来存放html模板文件

这里先存放一个用来输入序列的html文件，html代码如下：

<!DOCTYPE html>
<html>
    <title>Calculate Length of Sequence</title>
    <body>
        <h1>Please input sequence</h1>
        <form action="../Results/">
            <textarea rows=20 cols=60 name='text'>输入fasta格式的序列</textarea>
            <br>
            <input type="submit" value="序列提交">
        </form>
    </body>
</html>

将其命名为inputSeq.html，页面效果如下

image.png

在SeqLength文件夹下的seetings.py文件中设置模板路径

在seqLengthapp文件夹下的views.py文件中添加处理函数

image.png

在SeqLength文件夹下的urls.py中设置路由

image.png

然后在Calculate_Seq_Length_20190815_v1/SeqLength文件夹下运行如下命令启动程序

python manage.py runserver

在浏览器中输入http://127.0.0.1:8000/seqLen/可以看到效果

image.png

在templates文件夹下再新建一个html文件用来返回计算结果，命名为outputresult.html，代码如下

<!DOCTYPE html>
<html>
    <title>output</title>
    <body>
        <h1>这里是输出结果</h1>
        <table border="1">
            <thead>
                <th>序列名称</th>
                <th>序列长度</th>
                <th>GC含量</th>
            </thead>
            <br>
            <tbody>
                {% for line in seqLength %}
                <tr>
                    <td>{{line.SeqName}}</td>
                    <td>{{line.SeqLength}}</td>
                    <td>{{line.GCcontent}}</td>
                </tr>
                {% endfor %}
            </tbody>
        </table>
    </body>
</html>

在views.py文件中设置处理函数

def calresults(request):
    datalist = []
    seq = request.GET['text']
    with open('1.fasta','w') as fw:
        fw.write(seq)

    for rec in SeqIO.parse('1.fasta','fasta'):
        d = {"SeqName":rec.id,"SeqLength":str(len(rec.seq)),\
            "GCcontent":str(GC(rec.seq))}
        datalist.append(d)

    return render(request,"outputresult.html",{'seqLength':datalist})