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文献笔记六十五:叶绿体基因组组装工具综述

The landscape of chloroplast genome assembly tools

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R语言单因素方差分析简单小例子

探究三种不同的肥料是否对某种作物的产量有影响。做实验的时候就是将一块地随机划分成若干小块,分别施用3种不同的肥料,最终统计产量。最后用单因素方差分析检验不同组之...

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论文写作辅助神器:科研者之家(HOME for Research)

很久之前就在有的公众号文章看到过介绍这个工具的文章,但是文章里没有提工具的名字,只是介绍了一部分功能,然后是需要转发到朋友圈截图才会告诉你工具的名字和链接。

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ggplot2 修改图例的一些操作

第一种方法是直接在原数据集上改,因为这个图例的标题对应的是数据的列名,我把列名改了就可以了

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R语言T检验的简单小例子

T检验是用来检验两组数据之间均值是否有差异的一种方法,比如下面我们用到的数据包括20个男生和20个女生的体重数据。

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堆积柱形图(stacked barplot)展示密码子偏向性的RSCU值

研究密码子偏向性的论文通常都会分析RSCU值,论文中通常会用堆积柱形图来展示RSCU的值,之前在论文里也看到过下面这幅图的形式展示RSCU分析的结果

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回答公众号留言的2个关于相关性分析的问题

https://www.bilibili.com/video/BV1Ne41147eR

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JBrowse安装配置的一些教程

按照 JBrowse使用说明:如何安装JBrowse这篇教程中的步骤进行安装 用到的命令是

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ggplot2折线图展示美国和印度COVID-19单日新增确诊人数变化趋势

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pandas按照指定的列排序、paste命令指定分隔符、ggplot2添加拟合曲线

geom_smooth()函数不需要指定任何参数,自己直接就添加的是二次方程的拟合曲线,当然以上结果是因为自己的数据非常标准,是直接用二次方程来生成的

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如何根据class_code筛选转录本?

得到一个 merged.combined.gtf这个文件里给每一个转录本分配了一个class_code用来表示转录本相对于参考基因组的位置

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ggplot2火山图展示RNAseq差异表达分析结果

ggpubr包做火山图https://rpkgs.datanovia.com/ggpubr/reference/diff_express.html#exampl...

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gb格式注释文件转换成gff3注释文件格式

今天在NCBI下载了酵母的参考基因组,没有找到gff格式的基因组注释文件,只找到了genbank格式的基因组注释文件。应该会有现成的工具来实现常用的基因组注释文...

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机器学习简单小例子:19行代码预测鸢尾花品种

https://www.youtube.com/watch?v=_3xj9B0qqps&t=1372s

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Django2.2搭建一个简易的网站下载youtube视频

https://github.com/nficano/pytube/issues/591

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python脚本:nexus比对格式批量转化为fasta格式

**不同的比对软件会输出不一样的比对格式;比对后分析用到的软件对输入格式的要求也不一样。比如序列比对我习惯使用MAFFT。MAFFT输出结果默认为fasta格式...

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R语言可视化展示gff3格式基因组注释文件简单小例子

https://girke.bioinformatics.ucr.edu/GEN242/mydoc_Rgraphics_7.html

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IRscope代码拆解二:ui相关的代码

IRscope是用来可视化叶绿体基因组边界收缩扩张的一个shiny应用。最想学习的是其中鉴定反向重复区的代码和画图用到的代码。

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R数据可视化简单小例子~NBA球员薪水排行榜Top10

http://www.espn.com/nba/salaries/_/year/2020

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Django2.2+pyecharts的一个简单小例子~柱形图和世界地图

按照官网说的在demo文件夹下新建templates文件夹,复制模板文件到这个目录下 配置路由

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