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设置国内的源加快R包下载速度

R语言在使用 install.packages() 安装package的时候,默认会在官方的源(https://cran.rstudio.com/)搜索R包,然后下载到你的电脑或者服务器上。但是官方的源并不在中国,下载速度往往会受到很大的限制,因此当我们安装好R之后,第一步就应该是把R的安装源修改为国内的源(也称镜像,Mirror)。

1

修改 install.packages 的安装源

如果你使用的是有图形界面的RGui,选择 Packages --> Set CRAN mirror --> China (Guangzhou)

如果你使用的是Rstudio,选择 Tools --> Global options --> Packages

点击Change,选择离你所在城市最近的国内源

也可以输入以下代码(适合不带图形界面的R),直接修改

options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))

通过 getOption("repos") 命令可以知道目前的镜像网站是哪里的

2

修改 bioconductor 的安装源

绝大部分的生物信息相关的R包(如DESeq2, limma, clusterProfiler)都在 bioconductor,并不在官方的源里面,所以通过 install.packages() 命令会找不到对应的R包。得使用如下命令安装:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("DESeq2")

同样,使用option命令修改bioconductor的源为国内源,就再也不用忍受bioconductor 的龟速了,代码如下:

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

本文分享自微信公众号 - 生物信息学(swxxx1),作者:阿凡亮

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2019-10-14

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