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玩转基因组浏览器之查看gwas结果

IGV支持动态查看gwas分析结果,对于gwas结果而言,要求至少要包含以下几列

  • CHR
  • BP
  • SNP
  • P

对列的顺序没有要求,IGV通过文件名后缀来识别文件格式,gwas结果对应的后缀可以是以下几种

  1. linear
  2. logistic
  3. assoc
  4. qassoc
  5. gwas

从GWAS catalog数据库中随机下载了一个gwas的结果,内容示意如下

导入IGV之后,首先以曼哈顿图的形式展示所有位点的关联分析结果

曼哈顿图的含义可以查看以前的文章

3分钟掌握曼哈顿图的绘制

还可以根据需要调整基因组区域,达到locuszoom的效果,示意如下

locuszoom的含义可以查看以前的文章

曼哈顿图就够了吗?你还需要LocusZoom

通过基因名称来检索,可以方便的查看基因上突变位点的关联结果。遗憾的一点是,如果只是单独导入gwas结果,无法直接以rs号进行检索,但是IGV支持导入多个track, 此时可以再导入一个rs号对应的bed文件,实现rs号的快速定位,这样就可以方便的以基因组位置,rs号,基因名称来查看gwas结果。

本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册(shengxinxiulian),作者:lzyg

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2020-03-16

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