玩转基因组浏览器之查看gwas结果

IGV支持动态查看gwas分析结果，对于gwas结果而言，要求至少要包含以下几列

• CHR
• BP
• SNP
• P

对列的顺序没有要求，IGV通过文件名后缀来识别文件格式，gwas结果对应的后缀可以是以下几种

1. linear
2. logistic
3. assoc
4. qassoc
5. gwas

从GWAS catalog数据库中随机下载了一个gwas的结果，内容示意如下

导入IGV之后，首先以曼哈顿图的形式展示所有位点的关联分析结果

曼哈顿图的含义可以查看以前的文章

3分钟掌握曼哈顿图的绘制

还可以根据需要调整基因组区域，达到locuszoom的效果，示意如下

locuszoom的含义可以查看以前的文章

曼哈顿图就够了吗?你还需要LocusZoom

通过基因名称来检索，可以方便的查看基因上突变位点的关联结果。遗憾的一点是，如果只是单独导入gwas结果，无法直接以rs号进行检索，但是IGV支持导入多个track, 此时可以再导入一个rs号对应的bed文件，实现rs号的快速定位，这样就可以方便的以基因组位置，rs号，基因名称来查看gwas结果。