玩转基因组浏览器之IGV进行序列比对

除了动态的查看基因组学数据，IGV还内置了以下两个工具

1. Blat
2. Motif finder

前者用于序列比对，后者用于motif的查找，本文的重点是介绍如何用IGV来进行序列比对。

IGV通过调用UCSC的Blat软件来实现序列比对, 软件对应的网址如下

https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start

在IGV中，通过工具栏的Tools->BLAT菜单，可以自定义输入查询序列

直接在该输入框中粘贴查询序列的碱基即可，序列比对完成后，会弹出如下所示的结果框

鼠标左键选中每一行，可以在基因组浏览器中展示比对结果，示意如下

会有一个名为Blat的track, 显示查询序列的比对位置。除了上述用法外，IGV还有很多种序列比对的方式，比如对bam文件中的reads进行比对，对基因结构中的某个特征，exon,intron进行比对等等，详细的描述请参考以下链接

http://software.broadinstitute.org/software/igv/BLAT