专栏首页生信修炼手册Tandem Repeats Finder:串联重复序列查找工具

Tandem Repeats Finder:串联重复序列查找工具

欢迎关注"生信修炼手册"!

Tandem Repeats Finder, 简称TRF, 是一款串联重复序列查找工具,repeatmasker 程序中就整合了这个软件,官网如下

https://tandem.bu.edu/trf/trf.html

通过官网的在线服务,可以快速掌握该软件的用法,提供了3种选择,示意图如下,这三种选项的区别在于可调整参数的多少,我们先用默认参数运行看下

点击Basic链接,跳转到如下页面,上传对应的fasta格式的序列文件,或者在文本框中粘贴对应的序列,然后点击Submit sequence按钮,进行提交

在跳转链接中,点击下方红色框区域,查看分析的结果

1. 所有序列的结果汇总

在该页面会列出所有检测到了重复序列区域的序列ID, 点击每条序列的名称,会跳转到该序列的详细页面

2. 一条序列上的所有重复区域汇总

在该页面,会以表格的形式,给出一条序列上所有重复序列的汇总情况,点击Table Explanation, 可以查看表头的详细解释;点击第一列的重复区域的ID, 可以跳转到详细页面

3. 重复序列详细页面

在该页面,会给出重复区域的序列信息,示意如下,可以看到,是一段以ACTC作为motif的重复区域

除了在线服务,也可以下载软件本地运行,下载链接如下

https://tandem.bu.edu/trf/trf.download.html

对于linux服务器,下载完成后建议重命名文件,方便调用,代码如下

chmod +x trf409.linux64
ln -s trf409.linux64 trf

该软件的用法如下

trf  /home/xudl/soft/SSRIT/input.fasta 2 7 7 80 10 50 500 -f -d -m

这里我全部采用了默认参数,运行成功后,在当前目录,会生成很多的文件,其中的html文件和官网的结果是一致的,直接查看html文件就可以了。

本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册(shengxinxiulian),作者:lzyg

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2018-07-26

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

  • GATK BQSR的意义与作用

    BQSR 全称叫做 Base Quality Score Recalibration, 可以理解为碱基质量校正。对于变异位点的鉴定,碱基质量是非常重要的。比如测...

    生信修炼手册
  • 肿瘤浸润免疫细胞量化分析简介

    肿瘤微环境是肿瘤细胞生存和发展的土壤,其中浸润到肿瘤局部的免疫细胞介导了肿瘤免疫微环境,tumor immune microenvironment, 简称TIM...

    生信修炼手册
  • 关于motif你需要知道的事

    在chip_seq数据分析中,motif分析是一项重要的分析内容。通过motif分析,我们可以对转录因子结合位点的序列模式有进一步的了解,那么什么是motif呢...

    生信修炼手册
  • 产品需求文档PRD:校园外卖配送

    我们一方面利用学生希望能够在校园各地方便的取得外卖这种需求;另一方面利用学生希望在业余时间从事兼职的这种需求。将这两种结合起来而形成的校内外卖配送体系。

    物流IT圈
  • 多益网络提前批产品策划面经

    牛客网
  • windows激活

    链接:https://pan.baidu.com/s/1QCGabOsJqYKSklXoJLLTtg

    Centy Zhao
  • 「可扩展性」可扩展性最佳实践:来自eBay的经验教训

    在eBay,我们每天都在争论的主要架构力量之一是可扩展性。它为我们制定的每一个架构和设计决策着色和推动。全球有数亿用户,每天超过20亿的页面浏览量,以及我们系统...

    首席架构师智库
  • 我来重新学习 javascript 的面向对象(part 1)

    很多job 的描述都说要求精通 javascript 面向对象编程,但是根据一般的套路,写精通其实就是熟练,写熟练其实就是一般,写一般其实就是懵逼!

    前端正义联盟
  • 多对多关系表的创建方式、forms组件

    through_fields:指定第三张表中哪两个字段维护表与表之间的多对多关系(这里有先后顺序,外键建在谁那里就先写谁)

    GH
  • NASA VR太空体验|揭示黑洞的衍变和宇宙的奥秘

    (VRPinea 6月13日讯)今年的夏天好像比往常来的要更早一些。在蚊子与热气齐飞的夜晚里,貌似已经很久没有听到过蝉鸣、蛙声,也很久没有抬头看看空中的那轮圆月...

    VRPinea

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券