Tandem Repeats Finder:串联重复序列查找工具

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Tandem Repeats Finder, 简称TRF, 是一款串联重复序列查找工具，repeatmasker 程序中就整合了这个软件，官网如下

https://tandem.bu.edu/trf/trf.html

通过官网的在线服务，可以快速掌握该软件的用法，提供了3种选择，示意图如下，这三种选项的区别在于可调整参数的多少，我们先用默认参数运行看下

点击Basic链接，跳转到如下页面，上传对应的fasta格式的序列文件，或者在文本框中粘贴对应的序列，然后点击Submit sequence按钮，进行提交

在跳转链接中，点击下方红色框区域，查看分析的结果

1. 所有序列的结果汇总

在该页面会列出所有检测到了重复序列区域的序列ID, 点击每条序列的名称，会跳转到该序列的详细页面

2. 一条序列上的所有重复区域汇总

在该页面，会以表格的形式，给出一条序列上所有重复序列的汇总情况，点击Table Explanation, 可以查看表头的详细解释；点击第一列的重复区域的ID, 可以跳转到详细页面

3. 重复序列详细页面

在该页面，会给出重复区域的序列信息，示意如下，可以看到，是一段以ACTC作为motif的重复区域

除了在线服务，也可以下载软件本地运行，下载链接如下

https://tandem.bu.edu/trf/trf.download.html

对于linux服务器，下载完成后建议重命名文件，方便调用，代码如下

chmod +x trf409.linux64
ln -s trf409.linux64 trf

该软件的用法如下

trf  /home/xudl/soft/SSRIT/input.fasta 2 7 7 80 10 50 500 -f -d -m

这里我全部采用了默认参数，运行成功后，在当前目录，会生成很多的文件，其中的html文件和官网的结果是一致的，直接查看html文件就可以了。