GeneMark-ES:真核生物编码基因预测软件

欢迎关注"生信修炼手册"!

GeneMark-ES软件用于预测真核生物中的蛋白编码基因，和其他预测基因结构的软件不同，它采用的是非监督算法，可以不依赖训练集进行预测。官网如下

http://exon.biology.gatech.edu/GeneMark/gmes_instructions.html

安装过程如下：

wget http://topaz.gatech.edu/GeneMark/tmp/GMtool_lqacT/gm_key_64.gz
wget http://topaz.gatech.edu/GeneMark/tmp/GMtool_lqacT/gm_et_linux_64.tar.gz
tar xzvf gm_et_linux_64.tar.gz
gunzip gm_key_64.gz
cp ../../gm_key_64 ~/.gm_key

gm_key文件是软件的通行证，需要拷贝到家目录下，软件本身只需要解压缩就可以了。

基本用法如下

gmes_petap.pl --ES  --cores 10--sequence genome.fa

gmes_petap.pl本身整合了geneMark-ES和geneMark-ET两个功能，genemark-ES用于基因组数据的预测，geneMark-ET用于转录组数据的预测。

--ES表示采用genemark-ES算法，--cores指定并行的CPU个数，--sequence指定输入的fasta格式的序列。

对于真菌，有专门的参数，示例如下

gmes_petap.pl --fungus  --cores 10--sequence genome.fa

默认配置下，输出文件名为genemark.gtf, 保存在软件的安装目录，采用GTF格式来记录基因的结构信息。