使用EricScript进行融合基因的分析

欢迎关注”生信修炼手册”!

在众多评测融合基因软件的文章中，EricScript这款软件还是名列前茅的，值得一试。该软件的网站如下

https://sites.google.com/site/bioericscript/home

温馨提示，需要才可以访问这个网站。软件的源代码托管在sourceforge上，安装过程如下

wget https://sourceforge.net/projects/ericscript/files/ericscript-0.5.5.tar.bz2
tar xjvf ericscript-0.5.5.tar.bz2

该软件采用perl语言开发，只需要下载源代码解压缩即可。需要注意的是，该软件依赖以下几个软件

1. R
2. ada R package
3. bwa
4. samtools
5. seqtk
6. bedtools
7. blat

特别需要注意一点，该软件要求samtools的版本必须为1.0以下， 我测试时使用的是0.1.19版本，上述软件必须添加到PATH环境变量下。

和其他软件类似，该软件也需要物种对应的数据库，目前官方提供只人和小鼠的数据库文件，暂时还不支持其他物种

软件的用法如下

perl ericscript.pl \
-db ericscript_db \
-name test \
-o output \
R1.fq.gz R2.fq.gz

-db参数指定数据库对应的目录，-name指定样本的名称，-o指定输出结果的目录，最后是样本对应的双端测序的数据。

输出结果的目录结构如下

output/
├── aln
├── out
├── test.results.filtered.tsv
├── test.results.total.tsv
└── test.Summary.RData

total.tsv文件是预测出来的所有融合基因的结果，filtered.tsv 是过滤之后的结果，更多用法和结果解读请参考官方文档。

·end·

—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—