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使用EricScript进行融合基因的分析

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生信修炼手册
发布2020-05-08 17:00:03
8850
发布2020-05-08 17:00:03
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文章被收录于专栏:生信修炼手册

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在众多评测融合基因软件的文章中,EricScript这款软件还是名列前茅的,值得一试。该软件的网站如下

https://sites.google.com/site/bioericscript/home

温馨提示,需要才可以访问这个网站。软件的源代码托管在sourceforge上,安装过程如下

代码语言:javascript
复制
wget https://sourceforge.net/projects/ericscript/files/ericscript-0.5.5.tar.bz2
tar xjvf ericscript-0.5.5.tar.bz2

该软件采用perl语言开发,只需要下载源代码解压缩即可。需要注意的是,该软件依赖以下几个软件

  1. R
  2. ada R package
  3. bwa
  4. samtools
  5. seqtk
  6. bedtools
  7. blat

特别需要注意一点,该软件要求samtools的版本必须为1.0以下, 我测试时使用的是0.1.19版本,上述软件必须添加到PATH环境变量下。

和其他软件类似,该软件也需要物种对应的数据库,目前官方提供只人和小鼠的数据库文件,暂时还不支持其他物种

软件的用法如下

代码语言:javascript
复制
perl ericscript.pl \
-db ericscript_db \
-name test \
-o output \
R1.fq.gz R2.fq.gz

-db参数指定数据库对应的目录,-name指定样本的名称,-o指定输出结果的目录,最后是样本对应的双端测序的数据。

输出结果的目录结构如下

代码语言:javascript
复制
output/
├── aln
├── out
├── test.results.filtered.tsv
├── test.results.total.tsv
└── test.Summary.RData

total.tsv文件是预测出来的所有融合基因的结果,filtered.tsv 是过滤之后的结果,更多用法和结果解读请参考官方文档。

·end·

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原始发表:2018-11-14,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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