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miRTarBase:实验验证的miRNA靶基因数据库

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miRTarBase是一个手工收集的,经过实验验证过的miRNA靶基因数据库,网址如下

http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php

如下图所示,miRTarBase最新版本为V7.0, 于2017年9月15号更新,共收录了23个物种。4076 个miRNA, 23054 个基因,422517 个靶基因相互作用

通过Browse功能,可以利用以下四种方式浏览数据库中的内容

  1. miRNA ID
  2. Target Gene
  3. Disease
  4. Species

Statistics提供了每个物种对应的miRNA靶基因情况,示意如下

以Human为例,共收录了2599 个miRNA, 这些miRNA 的靶基因的集合共有15064 个,而人一共有2万多个蛋白编码基因,接近80%都受到miRNA的调控,可见 miRNA调控机制的广泛性和重要性。

对于miNRA-Target Gene , 共有380639 条记录, 平均每个miRNA有380639 / 2599=146个靶基因, 而每个基因平均受到380639 / 15064 = 25 个 miRNA的调控。

Search功能则提供了多种检索方式

1. By miRNA

以mirBase数据库中的miRNA ID进行检索,示意如下

2. By Target Gene

以Gene Symbol进行检索,示意如下

3. By Pathway

以kegg pathway通路进行检索,示意如下

4. By Validated Method

以各种验证miRNA和靶基因相互作用的手段进行检索,示意如下

5. By Disease

以疾病进行检索,示意如下

高级检索功能,支持一次检索多个miRNA或者基因,示意如下

检索结果如下所示

对于每条miRNA靶基因的记录, 都会赋予1个唯一的 miRNA-target interactions (简称MTs) 编号,比如MIRT000287,对于检索结果,可以根据实验证据的可靠性,进行筛选。

miRTarBase不仅提供了高可信度的miRNA靶基因信息,同时也提供了文献报道的miRNA和疾病之间的相关信息。

·end·

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本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册(shengxinxiulian),作者:lzyg

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2018-12-02

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