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miRTarBase是一个手工收集的,经过实验验证过的miRNA靶基因数据库,网址如下
http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php
如下图所示,miRTarBase最新版本为V7.0, 于2017年9月15号更新,共收录了23个物种。4076 个miRNA, 23054 个基因,422517 个靶基因相互作用
通过Browse
功能,可以利用以下四种方式浏览数据库中的内容
Statistics
提供了每个物种对应的miRNA靶基因情况,示意如下
以Human为例,共收录了2599 个miRNA, 这些miRNA 的靶基因的集合共有15064 个,而人一共有2万多个蛋白编码基因,接近80%都受到miRNA的调控,可见 miRNA调控机制的广泛性和重要性。
对于miNRA-Target Gene , 共有380639 条记录, 平均每个miRNA有380639 / 2599=146个靶基因, 而每个基因平均受到380639 / 15064 = 25 个 miRNA的调控。
Search
功能则提供了多种检索方式
以mirBase数据库中的miRNA ID进行检索,示意如下
以Gene Symbol进行检索,示意如下
以kegg pathway通路进行检索,示意如下
以各种验证miRNA和靶基因相互作用的手段进行检索,示意如下
以疾病进行检索,示意如下
高级检索功能,支持一次检索多个miRNA或者基因,示意如下
检索结果如下所示
对于每条miRNA靶基因的记录, 都会赋予1个唯一的 miRNA-target interactions (简称MTs) 编号,比如MIRT000287,对于检索结果,可以根据实验证据的可靠性,进行筛选。
miRTarBase不仅提供了高可信度的miRNA靶基因信息,同时也提供了文献报道的miRNA和疾病之间的相关信息。
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