miRPath:miRNA相关GO和KEGG功能分析

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对于mRNA数据，我们经常通过GO和KEGG富集分析来进行功能分析，对于miRNA数据而言，我们可以通过miRNA对应的mRNA来研究miRNA相关功能。 miRpath是一个在线网站，集成了miRNA靶基因数据库, 只需要输入感兴趣的miRNA Id, 就可以从靶基因数据库中获取miRNA对应的靶基因，然后进行GO和KEGG富集分析，网址如下

http://www.microrna.gr/miRPathv3/

该数据库中集成以下3个miRNA靶基因数据库

1. TarBase
2. TargetScan
3. microT-CDS

支持以下几个物种的GO和KEGG富集分析

1. Human
2. Mouse
3. D.melanogaster
4. C.elegans
5. R.Norvegicus
6. D.Rerio
7. G.Gallus

该数据库有以下两种使用方式

1. 正向检索

正向检索功能用于分析指定miRNA的功能，输入框如下所示

通过Species选择对应物种，在Add miRNAs框中输入感兴趣的miRNA ID，然后选择对应的靶基因数据库即可，kegg pathway运行结果如下所示

这个结果其实就是将输入的所有miRNA的靶基因集合进行富集分析，点击details， 可以查看每个miRNA靶基因单独富集分析结果，示意如下

点击see genes, 可以查看具体的基因列表，示意如下

点击pathway union, 通过show heatmap可以得到如下所示的热图

这种热图反应的是每个miRNA靶基因的富集分析结果，每一行代表一个miRNA, 每一列代表一个pathway, 单元格的颜色该通路下富集的p值决定。

2. 反向检索

反向检索功能用于发现调控指定的GO或者pathway下基因的miRNA, 示意如下

我们可以以miRpath作为参考，利用其他数据库或者自己构建的高质量miRNA靶基因数据来进行富集分析，从而研究miRNA相关功能。

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