KEGG Drug 数据库

kegg drug 数据库是一个药物相关信息的综合数据库,包括了在日本,美国,欧洲上市的的药物。所有在日本上市的药物,不论处方药还是非处方药,包括天然药物和中药,都会在Drug 数据中有对应的记录;对于在美国和欧洲上市的药物, 只有一部分处方药的信息在drug 数据库中有记录。

根据化学结果和化学组分的不同,将药物进行区分 ,酶中药物 用D number 进行标识,比如 D014441 , 是一种作用于慢性粒细胞白血病的药物。对于每种药物,记录了其通用名,化学结构,靶标基因,相关的代谢酶,转运蛋白等各种信息,以D014441 为例,来详细看下。

字段

含义

Entry

D number

Name

通用名和注册的商品名

Products Generic

DailyMed 数据库的链接

Formula

分子式

Exact mass

质量

Mol Weight

分子量

Structure

化学结构

Simcomp

结构相近的其他分子

Class

DGROUP 数据库定义的分类

Efficacy Diseasee

作用的疾病

Target Pathway

药物的靶标对应的人类基因和这些靶标参与的通路

Metabolism

药物代谢相关的酶

Structure map

pathway数据库的通路图

Brite

在brite 数据库中的分类信息

在结构相似性和功能相似性的基础上,建立了KEGG DGROUP 数据库,对药物进行了分类,每个group 用DG 编号开头。在DGROUP 数据库中,有两种类型的group:

1. 第一种下面只包含对应的药物,这些药物的化学结构相近, 比如DG00710包含D08066D01441 两种药物

2. 第二种group还会包含下一级的group,这种其实是按照功能,分成了不同的层级,比如DG01918 同时包含了药物D10223和group DG01917;

除了KEGG DGROUP 数据库,brite 数据库也有药物的分类信息,但是分类的标准特别多。

很多的新药,其实只是在已有药物的基础上,保留核心的化学结构,其他基团稍作变化而成的,了解这种化学结构的变化,可以为我们在药物开发领域提供一定的参考。所以kegg 专门在pathway 数据库中,将各种药物化学结构的转变绘制了对应的通路图,叫做Structure map , 所有是Structure map组成了pathway 数据库中的一大类别,叫做 Drug Development。

map07011 对应的图片如下

总结

1. drug是药物相关信息的综合性数据库,涵盖了所有在日本上市的药物以及部分在美国和欧洲上市的处方药; 2. 根据化学结构的不同,对每种药物进行区分,用D Number 来唯一标识每种药物,在数据库中记录了药物的化学结构,靶标基因,代谢相关的酶等基本信息; 3. 对于药物的分类,KEGG GROUP 数据库根据结构和功能的相似性对药物进行分类,brite数据库则提供了更加多的分类标准; 4. 关于不同药物间化学结构的改变,在pathways数据库中专门有一个叫做Drug Development的类别来进行记录;

本文分享自微信公众号 - 生信修炼手册(shengxinxiulian),作者:庐州月光

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2018-03-06

本文参与腾讯云自媒体分享计划,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

我来说两句

0 条评论
登录 后参与评论

相关文章

  • DGV:人类基因组结构变异数据库

    DGV数据库收录了健康样本中大于50bp以上的基因组结构变化信息,对应的文章发表在Nucleic Acids Research上,链接如下

    生信修炼手册
  • KEGG Genome 数据库

    kegg Genome 由organisms,selected viruses 和 Metagenomes 3个数据库构成。

    生信修炼手册
  • HPRD:human专属的PPI数据库

    HPRD全称Human Protein Reference Database, 是一个专门存储人类蛋白质相互作用信息的数据库,和其他同类数据库相比,该数据库中存...

    生信修炼手册
  • 2020年6月数据库流行度排行:阿里云数据库创佳绩,华为GaussDB转型引热议

    墨墨导读:2020年6月号DB-Engines数据库流行度排行如约而至。在Top 10中,除了Microsoft Access跌出前十外,前九位的次序依旧没有任...

    数据和云
  • 这个AI给照片穿上“隐身衣”,让面部识别系统认不出你!

    应该没有人不认识英国女王伊丽莎白二世吧?但如果文摘菌说,其实这不是“一个人”,你能看出左右两张照片有什么不同吗?

    大数据文摘
  • 这个人什么时候才能拿图灵奖?

    Jürgen Schmidhuber,LSTM之父,同样对如今AI复兴和发展意义深远。甚至最新论文引用数已经超过了——反向传播。

    量子位
  • SQLyog 12.0.8.0 中文破解版

    SQLyog中文版是一款专业的图形管理软件,SQLyog操作简单,功能强大,能够帮助用户轻松管理自己的MYSQL数据库,SQLyog中文版支持多种数据格式导出,...

    凯哥Java
  • 高血压药物简介

    ‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍在这一期的内容中,我将和大家简单介绍高血压的常用药物。

    生信与临床
  • 【PowerBI小技巧】中英文版随意切换

    很多小伙伴反馈,希望出一些短平快的操作型文章,满足大家的想法,这样真的可以让罗叔偷懒了,同时可以让你快速在 2~3 分钟就知道 PowerBI 中的实用技巧。

    BI佐罗
  • 基于 Tensorflow eager 的文本生成,注意力,图像注释的完整代码

    我总是发现生成和序列模型令人着迷:他们提出的问题与我们刚开始学习机器学习时常遇到的问题不同。当我第一次开始学习ML时,我学了分类和回归(和大多数人一样)。这些帮...

    AI研习社

扫码关注云+社区

领取腾讯云代金券