Varscan检测de novo mutation

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de novo mutation 是属于生殖细胞突变中的一类突变，指的是在一个家系中，第一次出现的突变。这个突变在父本中是没有的，只是在子代中第一次出现。

在varscan中，专门有一个子命令trio, 用来分析de novo突变。需要3个bam文件，分别对应faher, mother, child，同时还需要参考基因组的fasta序列。用法如下

第一步：生成mpileup 文件

samtools mpileup -B -q 1 -f ref.fasta dad.bam mom.bam child.bam >trio.mpileup

第二步，鉴定de novo 突变

java -jar VarScan.jar trio
trio.mpileup \
trio.mpileup.output \
--min-coverage 10 \
--min-var-freq 0.20 \
--p-value 0.05 \
-adj-var-freq 0.05 \
-adj-p-value 0.15

varscan首先会使用和mpileup2snp子命令相同的算法分析3个样本中的生殖细胞变异位点，然后会根据子代和父本的分型结果，筛选出不符合孟德尔遗传规律的突变位点，即子代的allel不可能通过父代遗传得到的突变位点，这些位点也称为 Mendelian Inheritance Errors位点，简写为MIE, 对这些的位点的分型结果进行校正，校正过后，如果确实为MIE, 就继续标记为MIE, 如果为一个de novo突变，就标记为de novo突变。

这条命令运行成功之后，会产生如下两个输出文件

trio.mpileup.output.snp.vcf
trio.mpileup.output.indel.vcf

分别对应snp和indel两种变异类型的结果，在输出的VCF文件中，如果一个突变位点为MIE, 对应的FILTER字段会标记为mendelError，否则标记为PASS;如果一个突变位点为de novo 突变，对应的INFO字段会标记DENOVO。

需要注意的是，直接分析得到的de novo突变中，还是会存在部分假阳性的位点，需要做进一步的过滤。