算法原理不理解可以，但是请清楚一下概念

生信技能树

发布于 2020-05-14 16:24:42

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发布于 2020-05-14 16:24:42

文章被收录于专栏：生信技能树

《道德经》“玄之又玄，众妙之门”

gsea和gsva算法大家应该是都很熟悉了，我也多次讲解：

不过里面有一个算法表格很难理解：

GSEA算法表格

所以最近又有学徒咨询这个细节了，她的疑问是，为什么ssGSEA得分，跟其基因集里面的每个基因的表达量，并不是完全相关的，我这次写了一个例子来讲解。

模拟表达矩阵后，获得基因排序表格

比如我们模拟一下 26个基因的4个样本的表达量矩阵，然后查看自己感兴趣的3个基因在4个样本的顺序。

dat=data.frame(s1=rnorm(26),
           s2=rnorm(26),
           s3=rnorm(26),
           s4=rnorm(26))
rownames(dat)=LETTERS
dat['A',]
pos=match(c('D','G','Z'),rownames(dat))
apply(dat, 2, function(x){
  order(x,decreasing = T)[pos]
})

这里面的rnorm函数是随机的，所以你复制粘贴运行我这个代码，结果会有有点不一样。

然后对它进行ssGSEA算法计算，如下：

library(GSVA) 
library(GSEABase)  
gmtFile='test.gmt'
tmp=paste(c('test','test','D','G','Z'),sep = '\t')
write.table(t(as.data.frame(tmp)),
            file = gmtFile,sep = '\t',quote = F,row.names = F,col.names = F)
geneSet=getGmt(gmtFile, 
               geneIdType=SymbolIdentifier())
geneSet

ssgseaScore=gsva(as.matrix(dat), 
                 geneSet, method='ssgsea', kcdf='Gaussian', abs.ranking=TRUE)
ssgseaScore

结果如下：

> ssgseaScore
             s1        s2         s3         s4
test 0.03809468 0.2781415 -0.7218585 -0.6190109
> apply(dat, 2, function(x){
+   sort(order(x,decreasing = T)[pos])
+ })
     s1 s2 s3 s4
[1,] 17  2 18 13
[2,] 23 23 20 17
[3,] 26 25 25 21

可以看到总共是26个基因的表达量，我们感兴趣的是3个基因，使用ssGSEA后：

s1样本的ssGSEA打分是0.04，基因都排在后面
s2样本的ssGSEA打分是0.27，因为有一个基因排的非常靠前！
s3样本的ssGSEA打分是 -0.72，因为3个基因都排在最后面
s4样本的ssGSEA打分是 -0.62，同样的，3个基因都排在后面，但是略高于s3样本。

总之，如果要ssGSEA打分高，你的基因需要尽可能表达量排序靠前，反之，需要靠后使得ssGSEA打分降低，甚至为负值。

也就是说，仅仅是关心基因的表达量排序，而不是表达量本身。

真实数据

取一个项目的表达矩阵，然后提取11个基因组成的基因集的表达量热图，加上这11个基因的ssGSEA在这个表达量矩阵计算结果。

热图可视化如下：

n=t(scale(t( mat[treg,] )))  
n[n>2]=2 
n[n< -2]= -2
n[1:4,1:4] 
ac=data.frame(gsea=as.numeric(ssgseaScore))
rownames(ac)=colnames(n)
pheatmap(n,annotation_col = ac,
         show_colnames =F,show_rownames = T)

可以看到，ssGSEA得分，跟基因表达量，还是有关系的，毕竟表达量高基因排名也高啊！

你大概率上无需把最开始那个算法PPT里面的公式写出来

首先FC在单个样本里面是不存在的，但是可以把表达量进行zscore，代入公式，看看能不能计算得到差不多的ssGSEA值。

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原始发表：2020-05-08，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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