再论betapart

关于betapart,之前写过一篇文章

R——分解beta多样性betapart包简介

但是其中将beta多样性分解成两部分的概念一直没有特别清楚。正好最近找其他文献的时候碰巧看到了一些相关的内容，对此概念有了更深的理解，故作此篇正我视听。

Beta多样性即群落之间物种组成的不相似性，可以分解为两部分。

在基于物种发生率数据(incidence)的基础上，可以划分为replacement和nestedness。

Replacement(也叫turnover)，是指一个地方的物种被另一个地方不同的物种所替代；

Nestedness(也叫 species loss/gain)，是指一个地方物种的消失或增加，但是不发生物种的替代。如A地消失了一些物种，B地增加了一些物种，且A和B不发生物种的替换。这种模式的特征为A是B的子集。

由于是基于incidence的数据，只有0和1不含丰度，因此这两种情况都会导致我们观察到物种的出现（0→1）和消失（1→0）。

如A和B地发生了Replacement，A中一些物种0→1，B中这些对应的物种1→0。A中1→0的物种在B中0→1。如A中多了一些物种，即发生了Nestedness，则A中对应物种0→1，B不受影响。所以我在上一篇中的理解是错的，在此纠正一下。

Replacement说的不对。。。

在此基础上，对于基于丰度(abundance)的数据，也存在类似的概念。基于丰度的不相似性也可以划分为两部分：

Balanced variation in abundance: 一个地方某些物种的个体被另一个地方不同物种相同个数的个体所取代；

Abundance gradients: 一些个体丢失，导致一个地方的物种成为另一个地方的子集 。

下图理解起来更直观：4个地方4个物种。a中每个点个体数保持一定，一些个体被其他个体所取代，为Balanced variation in abundance。b中一些个体丢失，为Abundance gradients。

目前betapart在1.4版本以上已经加入了基于abundance的算法。

beta.pair.abund,beta.multi.abund,betapart.core.abund和beta.sample.abund分别对应之前基于incidence方法的的beta.pair, beta.multi, betapart.core,和beta.sample。

另外还加入了基于系统发育的beta多样性：

phylo.betapart.core, phylo.beta.pair, phylo.beta.multi。

还有基于功能的beta多样性：

functional.betapart.core,functional.beta.pair, functional.beta.multi。

此外还能基于幂律模型和负二项模型拟合多种不相似性距离的距离衰减规律(DDR)。

Reference

https://rdrr.io/cran/betapart/man/betapart-package.html

Baselga, A. 2017. Partitioning abundance-basedmultiple-site dissimilarity into components: balanced variation in abundanceand abundance gradients. Methods in Ecology and Evolution 8: 799-808

Baselga A, Orme CDL. 2012. betapart: an Rpackage for the study of beta diversity. Methods Ecol. Evol. 3: 808-812