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网络属性专题3-节点和连接的恒常性

衡量微生物网络稳定的指标一般认为分为两个方面:拓扑结构稳定性(组成稳定性)以及时间尺度稳定性(时间敏感性)。

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磕盐千面38-论文写作中三个需要注意的地方

Introduction的目的是啥,我认为是让人看过之后觉得你的研究非常有必要。这就包含了两部分:

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ISME:群落相似性的interaction-adjusted指数家族

Link: https://www.nature.com/articles/ismej2016139

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MIC: 最大信息系数计算OTU与环境因子相关性

Logares, R., Deutschmann, I.M., Junger, P.C. et al. Disentangling the mechanisms...

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8.22-8.28 交流群问题汇总第10期

https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/phyloseq/inst/doc/phylose...

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网络属性专题2-脆弱性及组成稳定性

每个节点的脆弱性度量节点对全局效率的相对贡献。网络的脆弱性用网络中节点的最大脆弱性表示为:

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磕盐千面25-结果正确 or 过程正确 ?

本文于2020-03-01已发表于Listenlii公众号,这里将其划归磕盐千面系列。

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磕盐千面24-对微生物测序领域的思考

本文于2020-02-29已发表于Listenlii公众号,这里将其划归磕盐千面系列。

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网络属性专题1-鲁棒性及其应用

对于随机物种去除的模拟为随机去除一定比例的节点;对于目标移除的模拟是移除了一定数量的核心菌。

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SEL:估计1m2表层土中的微生物α多样性

英文标题: Assessment of microbial α-diversity in one meter squared topsoil

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8.1-8.7 交流群问题汇总第7期

本系列为交流群一周问题汇总。目前群人数比较多,如果你想加群,加我微信回复进群,我拉你进来。

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磕盐千面22-厉害又可爱的师兄师姐们

师兄A打开一个word就能写文章,各种Introduction和Discussion信手拈来,根本不用在旁边打开文献一句一句写和加Citation。

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DAnIEL:真菌数据分析平台及相互作用关系数据库

DAnIEL: a user-friendly web server for fungal ITS amplicon sequencing data Danie...

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Picrust2预测真菌群落功能

place_seqs.py -s ITS.fasta -o placed_seqs.tre -p 20 --intermediate placement...

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7.25-7.31 交流群问题汇总第6期

本系列为交流群一周问题汇总。目前群人数比较多,如果你想加群,加我微信回复进群,我拉你进来。

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为什么PERMANOVA和ANOSIM结果不同?

https://www.researchgate.net/post/Why_do_I_obtain_different_results_using_PERMAN...

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7.18-7.24 交流群问题汇总第5期

物种注释;测序深度和覆盖度;真菌plug;宏基因组sam;SEM变量;跨域网络;OTU相关矩阵;中国地图;数据标准化/归一化;metaphlan2

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Nature: P值到底能不能用?

这篇文章的稿子在我桌面上已经躺了两年,现在也不想继续整了。就把之前弄好的发出来吧。

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Illumina上机前处理及测序全网最全教程!

本教程主要针对16s这类文库,供参考使用。具体的操作流程还是以Illumina的官方文件为准。

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7.11-7.17 交流群问题汇总第4期

中性模型;距离指数;LULU;数据分析样本量;STITCH数据库;差异分析;非参数检验;终端和Windows浏览CSV;网络

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