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mBio: 将土壤微生物分解为低复杂度的功能模块

Link: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7343995/

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MicroNiche: 生态位概念及计算

Link: https://academic.oup.com/femsec/article-abstract/96/8/fiaa131/5863182?redi...

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zetadiv: 计算zeta多样性

此外该包还有一下功能: zeta.varpart 通过距离和环境变量对zeta多样性进行分解。结果包含a(仅由距离来解释的变化),b(由距离或环境来解释的变化)...

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mSystems:土壤细菌群落的强生物地理模式

Link: https://doi.org/10.1128/mSystems.00540-20

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zeta多样性:基于发生率多样性的统一框架

Link: https://www.journals.uchicago.edu/doi/full/10.1086/678125

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多样性的大一统理论

Journal: Annual Review of Ecology Evolution and Systematics

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估计理论物种数

生物多样性的测量和评估是许多生态学研究的中心目标。衡量生物多样性最简单也是最常用的方法是物种丰富度(物种的数目)。

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物种功能,多样性分解及功能多样性

Ecol. Lett. | 普莱斯方程的生态学应用:解析群落组成变动对生态系统功能的影响

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SCI TOTAL ENVIRON: 空气中植物和真菌的多样性

Journal: Science of the Total Environment

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elife: 写作及审稿中常见的十个统计错误

本文列出了文献中出现的一些最常见的统计错误。这些错误的根源在于无效的实验设计、不恰当的分析或有缺陷的推理。作者对如何识别和解决这些错误为研究者和审稿人提供了建议...

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计算样本的覆盖度(Coverage)

覆盖度(Coverage)这一概念最早是由现代计算机之父艾伦·图灵和他同事Good在二战期间为密码分析而提出的。

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序列可以反着拼接吗?

其实这个很好解释,反着拼肯定能出结果,且出来的序列和正常拼接必然是反向互补的关系。大家稍微思考一下应该可以明白。

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多个分组做Procrustes test

前文:Procrustes test 介绍了其在vegan中的基本用法。但是存在一个局限性,只能输入两个矩阵且没办法分组。 正好昨天有读者问我相关问题,我顺手查...

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Microbiome: 再论扩增子功能预测分析(Picrust)的效果

Picrust作为扩增子测序功能预测的工具已经被广泛使用了。但是它会与真实情况存在较大的偏差,详见前文对Picrust局限性的介绍:

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Microbiome: 画一个全球微生物网络图~

Link: https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-020-00...

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adespatial:分解beta多样性的另一种选择

adespatial这个包功能十分强大,如还可以进行向前筛选(forward.sel)。但是注意forward.sel只能用于RDA,而vegan中的ordis...

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Microorganisms:基于DNA和RNA得到差异的群落组装机制

Link:https://www.mdpi.com/2076-2607/8/6/798

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EM:不同海拔细菌和真菌多样性及驱动因素

Link: https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/1462-2920.15...

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Frontiers: 样本量决定了微生物数量

Type: Perspective Published: 07August 2019

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Frontiers: 森林土壤真菌群落的海拔分布格局及其生态装配过程

Link: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2019.02226/full

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