专栏首页Listenlii的生物信息笔记Frontiers: 森林土壤真菌群落的海拔分布格局及其生态装配过程

Frontiers: 森林土壤真菌群落的海拔分布格局及其生态装配过程

Published: 04 October 2019

Journal: Frontiers in Microbiology

Link: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2019.02226/full

IF:4.259

采用Illumina MiSeq测序研究了神农架5种不同森林类型土壤真菌群落结构沿海拔梯度的变化,并基于零模型量化了确定性和随机性在群落构建过程中的相对贡献。

结果表明土壤真菌OTUs主要来源于接合菌、担子菌和子囊菌。五种森林类型的土壤真菌群落结构差异显著,而真菌α多样性随海拔增加而降低。

在同一森林类型内,随机过程(37.78-73.33%)的相对贡献率高于确定性过程(26.67-62.22%),而不同森林类型间,确定性过程(350% - 93.00%)的相对贡献率高于随机过程(7.00-65.00%)。

研究目的:

(1)确定土壤真菌群落组成和沿海拔梯度的分布格局;

(2)确定对土壤真菌群落形成有重要贡献的生态装配过程;

(3)确定哪些环境因素是土壤真菌多样性的关键驱动因素。

方法

神农架不同海拔形成了5种不同的森林类型。每种类型取8 - 10个样方(20 m×20 m),相邻样方之间约20 m。每个样方取10 - 15个土芯。每个森林类型采集8或10个样本。

gITS7F (5′-GTGARTCA TCGARTCTTTG-3′)

ITS4R (5′-TCCTCCGCTTATTG ATATGC-3′)

309bp

在我们的平台上分析

(http://mem.rcees.ac.cn:8080)

UCLUST 97%聚类OTU

Resample 10,000

结果

FUNGuild真菌功能预测

真菌多样性与植物关系

海拔与β多样性的关系

βNTI结合RCbray判断随机性还是确定性。

END

本文分享自微信公众号 - Listenlii(gh_1a9e56035563),作者:水岸风堤

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2019-10-10

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