前往小程序,Get更优阅读体验!
立即前往
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
社区首页 >专栏 >Frontiers: 森林土壤真菌群落的海拔分布格局及其生态装配过程

Frontiers: 森林土壤真菌群落的海拔分布格局及其生态装配过程

作者头像
Listenlii-生物信息知识分享
发布2020-06-01 17:27:44
7050
发布2020-06-01 17:27:44
举报
文章被收录于专栏:Listenlii的生物信息笔记

Published: 04 October 2019

Journal: Frontiers in Microbiology

Link: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmicb.2019.02226/full

IF:4.259

采用Illumina MiSeq测序研究了神农架5种不同森林类型土壤真菌群落结构沿海拔梯度的变化,并基于零模型量化了确定性和随机性在群落构建过程中的相对贡献。

结果表明土壤真菌OTUs主要来源于接合菌、担子菌和子囊菌。五种森林类型的土壤真菌群落结构差异显著,而真菌α多样性随海拔增加而降低。

在同一森林类型内,随机过程(37.78-73.33%)的相对贡献率高于确定性过程(26.67-62.22%),而不同森林类型间,确定性过程(350% - 93.00%)的相对贡献率高于随机过程(7.00-65.00%)。

研究目的:

(1)确定土壤真菌群落组成和沿海拔梯度的分布格局;

(2)确定对土壤真菌群落形成有重要贡献的生态装配过程;

(3)确定哪些环境因素是土壤真菌多样性的关键驱动因素。

方法

神农架不同海拔形成了5种不同的森林类型。每种类型取8 - 10个样方(20 m×20 m),相邻样方之间约20 m。每个样方取10 - 15个土芯。每个森林类型采集8或10个样本。

gITS7F (5′-GTGARTCA TCGARTCTTTG-3′)

ITS4R (5′-TCCTCCGCTTATTG ATATGC-3′)

309bp

在我们的平台上分析

(http://mem.rcees.ac.cn:8080)

UCLUST 97%聚类OTU

Resample 10,000

结果

FUNGuild真菌功能预测

真菌多样性与植物关系

海拔与β多样性的关系

βNTI结合RCbray判断随机性还是确定性。

END

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2019-10-10,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 Listenlii 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
推荐阅读
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档