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安装免费版pymol

背景

Pymol是一个开源项目,现在由Schrödinger开发、支持和管理,现在已经更新到2.4版。有企业版、政府和学术版、教学版,还有开源版。除了开源版和教学版外,其他都是需要付费购买的。目前从网络上下载的Edu版的pymol有很多功能限制,对于要发表文章需要图片渲染等高级功能的用户来说极为不便。本文就讲解下免费开源版PyMOL的安装教程,适用于window系统32位和64位系统,PyMOL 有2.1,2.3和2.4等版本。Window系统的pymol运行需要依赖python环境,PMW模块。 什么是pymol:

PyMOL软件以Py+MOL命名:“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的,“MOL”表示它是用于显示分子(英文为molecule)结构的软件。为什么选择Pymol,因为它是强大的分子可视化软件,具有诸多优点:1高质量科学论文发表图形2动画制作3文档文件和会话文件并存4鼠标操作与命令行操作5免费的开放源码。PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子(特别是蛋白质)的三维结构图像。

而Pymol的安装是通过一个python包(Python Wheels)安装的,因此在开始之前,我们需要根据系统的位数(32位还是64位)以及python的版本来选择pymol包进行下载。 比方说,系统是windows 64位,系统中有python 3.7(或者打算安装python 3.7),那么我们就可以有2个选择,可以选择下载pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl或者pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl,对应的版本分别是pymol 2.3和pymol 2.4.

如果有更新的pymol包,可以到这个网址进行查看: Python Extension Packages for Windows - Christoph Gohlke https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol

Python安装

如果系统中已经有了python环境,则跳过这一步。可以通过命令行:python –V来查看python的版本号。

如果系统中没有安装pymol,则进行下列的步骤 1.1 进入python官网下载windows版的安装包,网址:https://www.python.org/downloads/ 1.2 注意的是下载的安装包要和windows系统位数对应,x86对应的是32位系统;x86-64对应的是64位系统,我们就以python 3.7为例,由于我们的系统是64位的,所以下载的安装包为:Windows x86-64 executable installer。 1.3 下载完成后,双击进行安装,记得勾选上Add Python to environment variables,不然后续命令行操作会出现问题。 1.4 如果安装成功,Win+R,cmd进入命令行,键入python –V就可以看到python的版本号,同时也说明安装成功。如果报错“python不是内部或外部命令,也不是可运行的程序或批处理文件。”那么说明python的地址没有加入环境变量。

PyMOL安装

安装PMW

命令行键入:python -m pip install pmw 提示说成功安装pmw,Successfully installed pmw-2.0.1

下载并安装pymol包

根据系统位数和python版本选择某个pymol包进行下载,放在某个磁盘根目录。在这里,我们选择安装pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl。命令行下,将盘符切换到pymol下载地址,键入命令:python -m pip install pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl

找到pymol程序

打开运行pymol.exe

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