安装免费版pymol

背景

Pymol是一个开源项目，现在由Schrödinger开发、支持和管理，现在已经更新到2.4版。有企业版、政府和学术版、教学版，还有开源版。除了开源版和教学版外，其他都是需要付费购买的。目前从网络上下载的Edu版的pymol有很多功能限制，对于要发表文章需要图片渲染等高级功能的用户来说极为不便。本文就讲解下免费开源版PyMOL的安装教程，适用于window系统32位和64位系统，PyMOL 有2.1，2.3和2.4等版本。Window系统的pymol运行需要依赖python环境，PMW模块。 什么是pymol：

PyMOL软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。为什么选择Pymol，因为它是强大的分子可视化软件，具有诸多优点：1高质量科学论文发表图形2动画制作3文档文件和会话文件并存4鼠标操作与命令行操作5免费的开放源码。PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子（特别是蛋白质）的三维结构图像。

而Pymol的安装是通过一个python包（Python Wheels）安装的，因此在开始之前，我们需要根据系统的位数（32位还是64位）以及python的版本来选择pymol包进行下载。 比方说，系统是windows 64位，系统中有python 3.7（或者打算安装python 3.7），那么我们就可以有2个选择，可以选择下载pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl或者pymol-2.4.0a0-cp37-cp37m-win_amd64.whl，对应的版本分别是pymol 2.3和pymol 2.4.

如果有更新的pymol包，可以到这个网址进行查看： Python Extension Packages for Windows - Christoph Gohlke https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol

Python安装

如果系统中已经有了python环境，则跳过这一步。可以通过命令行：python –V来查看python的版本号。

如果系统中没有安装pymol，则进行下列的步骤 1.1 进入python官网下载windows版的安装包，网址：https://www.python.org/downloads/ 1.2 注意的是下载的安装包要和windows系统位数对应，x86对应的是32位系统；x86-64对应的是64位系统，我们就以python 3.7为例，由于我们的系统是64位的，所以下载的安装包为：Windows x86-64 executable installer。 1.3 下载完成后，双击进行安装，记得勾选上Add Python to environment variables，不然后续命令行操作会出现问题。 1.4 如果安装成功，Win+R，cmd进入命令行，键入python –V就可以看到python的版本号，同时也说明安装成功。如果报错“python不是内部或外部命令，也不是可运行的程序或批处理文件。”那么说明python的地址没有加入环境变量。

PyMOL安装

安装PMW

命令行键入：python -m pip install pmw 提示说成功安装pmw，Successfully installed pmw-2.0.1

下载并安装pymol包

根据系统位数和python版本选择某个pymol包进行下载，放在某个磁盘根目录。在这里，我们选择安装pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl。命令行下，将盘符切换到pymol下载地址，键入命令：python -m pip install pymol-2.3.0-cp37-cp37m-win_amd64.whl

找到pymol程序

打开运行pymol.exe