「R」CentOS 从源安装 R

最近 Bioconductor 迎来了半年一次的更新，因为很多生信包都是基于 Bioconductor 版本的，所以使用就必须升级它。升级的命令为：

> ## 3.10 is available for R-3.6
> BiocManager::install(version="3.10")

由于 Bioconductor 3.10 必须要 R 在 3.6 的版本以上，所以进入本文的主体，在 CentOS 下从源构建最新版本的 R。

首先切入root账户。

安装R编译依赖

yum-builddep R

消灭界面configure警告：configure: WARNING: neither inconsolata.sty nor zi4.sty found: PDF vignettes and package manuals will not be rendered optimally

wget http://mirrors.ctan.org/fonts/inconsolata.zip
Unzip inconsolata.zip 
cp -Rfp inconsolata/* /usr/share/texmf/
mktexlsr

下载R并解压

wget -c https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gz
tar zxvf R-3.6.1.tar.gz 

编译安装

cd R-3.6.1/
./configure --prefix=/home/public/R/R-base --enable-R-shlib --with-cairo=yes

这里prefix后面的路径可以自己指定。

然后

make
make install

最后可以把它链接到常用软件位置上去。

sudo ln -s /home/public/R/R-basebin/R /bin/R 

整个过程最容易出错的地方就是编译，使用 configure 可能会爆出很多库找不到的情况，这也是为什么先使用 yum-builddep R 安装编译依赖。其他 Linux 上的操作过程是类似的，但如果缺少库，最好还是必应或谷歌一下对应系统的库名然后安装它们。