R语言作图——Ridgeline plot(山脊图)

一只羊

发布于 2020-07-28 15:30:27

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发布于 2020-07-28 15:30:27

文章被收录于专栏：生信了生信了

原创：黄小仙

今天给大家介绍一下Ridgeline plot（山脊图）的画法。

作图数据如下：

Step1. 绘图数据的准备

首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。

Step2. 绘图数据的读取

data<-read.csv(“your file path”, header = T)
#注释：header=T表示数据中的第一行是列名，如果没有列名就用header=F

Step3. 绘图所需package的安装、调用

library(reshape2)
library(ggplot2)
library(ggridges)                      
# 注释：package使用之前需要调用
# 今天要用到geom_density_ridges()函数需要调用ggridges包
# 直接用install.packages(ggridges)可以安装

Step4. 绘图

ggplot(data_melt, aes(x = value , y = variable , fill = variable)) +
 geom_density_ridges() +
 theme_ridges() +
 theme(legend.position = "none")

##调整透明度

ggplot(data_melt, aes(x = value , y = variable , fill = variable)) +
 geom_density_ridges(alpha = 0.5) +
 theme_ridges() +
theme(legend.position = "none")

##更改顺序

level<-levels(data_melt$variable)
data_melt$variable<-factor(data_melt$variable, levels = rev(level))
ggplot(data_melt, aes(x = value , y = variable , fill = variable)) +
 geom_density_ridges(alpha = 0.5) +
 theme_ridges() +
 theme(legend.position = "none")

默认顺序

颠倒之后

##更改线条形状

ggplot(data_melt, aes(x = value , y = variable , fill = variable)) +
 geom_density_ridges(alpha = 0.5, stat="binline", bins=20) +
 theme_ridges() +
 theme(legend.position = "none")