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文章/答案/技术大牛

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生信了

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张锋团队：一种新型可编辑的蛋白质递送系统

编码翻译基础设计系统

和大家分享一篇张锋团队最近发表在Nature上的研究“Programmable protein delivery with a bacterial contractile injection system”，一种可编辑的蛋白质递送系统，有望将任何蛋白精准地递送到目标细胞，与CRISPR/Cas9技术一样，这也是从细菌中获得启发和改造的一项技术。自然界内存在这样一些内共生菌，它们寄生在宿主体内，当宿主攻击有机体时，它会分泌一些因子杀伤有机体为宿主提供营养，与宿主互利共生；上述运输因子到有机体内的系统称作收缩注射系统（Contractile injection systems , CIS）。

2023-09-01

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对多种测序平台的测序数据进行差异表达基因（DEG）分析

对多种测序平台的测序数据进行差异表达基因（DEG）分析 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷 📷

2023-03-06

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冷肿瘤热肿瘤

免疫检查点阻断疗法（ICB）是肿瘤研究的热点，免疫检查点分子负向调控 T 淋巴细胞激活，维持机体免疫平衡，该机制被肿瘤细胞利用从而发生肿瘤免疫逃逸；ICB 可重新激活免疫细胞，从而发挥抗肿瘤效果。

2023-03-06

3980

空间转录组学简介

在我的印象中，自2020年开始，“Spatial transcriptomics”开始成为生信这条大街上最靓的仔，一时风头无两，频频登上CNS顶刊和其旗下大子刊。这么火的话题，怎么能不来凑凑热闹！别忘了，站在风口上，我也能飞起来！

2023-02-09

6870

bloom filter 简介

编程算法数据结构

Bloom Filter 是一种有效的数据结构，可使用少量内存，在大量元素列表中进行快速查找。

2022-11-30

5890

基于 ggplot2 的 confusion matrix 可视化

confusion matrix 经常被用来表示两个类别重合的程度，比如在分类任务中，我们可以用 confusion matrix 来展示预测的 label 与真实的 label 在多大程度上是一致的。

2022-11-30

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PaperR-(4)-2022-10

https 网络安全

Nature Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids

2022-11-30

3880

IGV 自定义 Reads 颜色

IGV 经常被用于可视化检查 NGS 测序数据。由于它可以非常直观地展示突变信息，所以它被大量应用于肿瘤诊断行业以及 NGS 相关的科研领域中。

2022-11-30

6400

PaperR-(3)-2022-09

https 网络安全数据结构深度学习 python

Automated reconstruction of whole-embryo cell lineages by learning from sparse annotations

2022-11-30

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MRD指导下的实体瘤精准辅助/巩固治疗

MRD 的概念最早在白血病诊疗中提出，是指白血病诱导化疗完全缓解（complete response, CR）后（或者骨髓移植治疗后），在体内残留少量白血病细胞的情况，用于预测复发风险和指导后续治疗。MRD 的表述包括三种，分别为可测量残留病灶（Measurable Residual Disease）、微小残留病灶(Minimal Residual Disease)及分子残留病灶（Molecular Residual Disease）。在实体瘤中，通常使用分子残留病灶的概念，其具体定义可概述为：经过治疗（通常为根治性治疗）后，传统影像学（包括 PET/CT）或实验室方法不能发现，但通过液体活检发现的癌来源分子异常，代表着肿瘤的持续存在和临床进展可能[1]。

2022-11-30

4560

卡方检验简介

医疗研究会产生大量不同类型的数据，最容易识别的是定量的数据。例如，直腿抬高 (SLR) 的受试者能够将腿抬高大于 0 度，这让我们可以计算两组的平均 SLR，并进行 t 检验。但并不是所有的数据都有这种定量特性。

2022-11-30

1.6K0

多组学分析助力膀胱癌化疗新策略

膀胱癌是常见的泌尿系统肿瘤，根据有无肌层浸润分为非肌层浸润膀胱癌（NIMBC）和肌层浸润膀胱癌（MIBC）。NIMBC五年生存率可达85%；MIBC五年生存率60%，预后较差。尽管靶向治疗、免疫治疗等新型治疗方案进入临床，以顺铂为基础的化疗仍然是肌层浸润膀胱癌的常规药物治疗方法。

2022-11-30

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TargetMine - 多组学数据整合和药物靶点分析平台

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鉴定合适的靶点(如基因、蛋白质、非肽基因产物和信号通路)进行表征是注释基因功能、药物发现和理解各种疾病发病机制的最关键步骤之一。TargetMine是一个综合数据仓库系统，主要用于候选靶点排序和早期药物发现。TargetMine基于InterMine构建。InterMine是一个灵活有效的框架，整合了多种生物数据库，使用户只在单个入口进行查询，即能够导航到不同的生物数据库。

2022-11-30

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单细胞组学简介

https http 网络安全 html

我们知道生命过程是建立在细胞时空动态调控的基础上的。比如，胚胎发育过程中，随着时间推进，细胞不断分裂、分化、成熟；其过程同时也受到空间信息的调控，比如周边细胞的细胞间通讯。

2022-11-30

8140

R记录 - 最近在学习写一个R包

https 网络安全 html 编程算法

因为课题需要，最近需要实现一个数据可视化的功能。因为ggplot2提供了扩展接口，所以就想着基于ggplot2实现这个功能。看了一些文档之后（见文末），就开始动手实现了。

2022-08-30

2110

R语言作图入门——软件安装，数据导入

r 语言 https 网络安全腾讯云开发者社区

小仙最近受到了一个打击，之前小仙以为自己写的教程已经比较适合入门了，初学的选手就跟着就能画出图。但是小仙却忽略了一点，粉丝们可能来自不同的行业，拥有不同的专业背景。有些同学可能在特定的情况下接触到了R语言，在下定决心要自己试试的时候，却不知如何入手。

2022-04-19

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R语言作图——Beeswarm plot拓展

r 语言 javascript 腾讯云开发者社区

上次给大家分享了蜜蜂图的画法，这篇文章是在上次文章的基础上进行了一些拓展。蜜蜂图基本的作图语句可以看这里 https://mp.weixin.qq.com/s/XgtoTiz_aUNWmobvjPRSIQ

2022-04-19

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R语言作图——Beeswarm plot

腾讯云开发者社区

当小仙又打下"今天"这两个字的时候，小时候每天一篇日记的恐惧好像又回来了，过去这么久，我的文学功底果然没有一点长进！

2022-04-19

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R语言作图——Circular bar plot

不知不觉，距离小仙上次发文已经过去五个多月了。R语言作图系列的更新频率跟理想中的一月一次差别有点忒大了，不得不让小仙陷入深深的反思，对于时间的规划也有了一些新的感悟。

2022-03-29

4000

有趣有用的PCA

数据分析文件存储

PCA (Principal component analysis，主成分分析) 是一个经典的数据降维方法，可以将高维数据映射到低维空间中，使得低维空间中点在新坐标轴（主成分）上的坐标间方差尽可能大。PCA被广泛应用于各行各业的数据分析，其中当然也包括生物数据的分析。

2021-10-13

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