生信了

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一只羊

(转载)Python的configparser模块

做生信的同学在使用类Unix系统的时候,经常会接触配置文件(config)。就笔者自己的经验而言,配置文件的常见格式有如下几种:

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一只羊

(转载)Python的logging模块

做系统运维的朋友一定对 log(日志)的重要性有深切体会。做生信的同学在搭建 pipeline 时也会注意对程序运行的状态做一些记录,尤其是错误信息。下面的语句...

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R-概率统计与模拟(二)

前文《R-概率统计与模拟》介绍了一些用 R 进行概率模拟的实验,本文继续上次的工作,并在此过程中回顾一些相关的概率统计知识。

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序列比对(26)精准匹配之KMP算法、Trie树以及AC自动机

之前的序列比对文章大都在利用动态规划算法解决字符串的非精准匹配(允许错配、插入和缺失),比如全局比对和局部比对问题。当然,后来我们还介绍了模序发现和中间字符串问...

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一只羊

R-概率统计与模拟

正如笔者在前文《公众号一岁啦》中所说,近期在复习概率统计相关的知识。机缘巧合,笔者遇到了几个比较有意思的题目,和朋友们分享一下:

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序列比对(18)重复匹配问题的补充说明

前文《序列匹配(五)——重复匹配问题的动态规划算法》介绍了重复匹配问题的动态规划算法。

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一只羊

(转载)windows10上运行Linux Bash Shell

前段时间笔者使用的Linux云主机到期了,并且也没有续约,所以最近想使用Linux(其实就是用Bash)的时候只能干着急。这两天突然想起以前看过新闻说Windo...

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序列比对(24)最长公共子序列

前文《序列比对(23)最长公共子字符串》介绍了如何求解两个字符串的最长公共子字符串,本文将介绍如何求解两个字符串的最长公共子序列。二者听起来很像,所以我们首先得...

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一只羊

序列比对(23)最长公共子字符串

其实这个问题可以放在序列比对专题的最开始,只是笔者是个新手,所以当初只是照《生物序列分析》教材的进度写的,教材是直接从全局比对开始讲的。Anyway,我们在本文...

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一只羊

序列比对(25)编辑距离

编辑距离的求解过程和全局比对是十分相似的(关于全局比对,可以参见前文《序列比对(一)全局比对Needleman-Wunsch算法》),都需要全部符号参与比对,都...

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R bubble matrix

又是一个好久不见,朋友们你们最近还好吗!最近小仙同学刚经历了人生中的一个重要的里程碑——延毕。在预料之中、又如期而至的两个字,小仙心里也是很复杂,可终究跟“毕业...

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序列比对(22)中间字符串分支定界方法中更紧的界

前文《序列比对(21)中间字符串问题的算法及实现代码》介绍了中间字符串的算法和代码,但是使用分支定界策略时所使用的界限是很宽松的。分支定界法的伪代码如下:

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一只羊

序列比对(21)中间字符串问题的算法及实现代码

《序列比对(20)基序发现问题的算法及实现代码》给出了基序问题的算法和实现代码。本文将介绍中间字符串问题的算法,并给出实现代码。

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一只羊

序列比对(20)基序发现问题的算法及实现代码

由于要遍历所有可能的起始位点,所以一种自然的想法是使用递归。但是为了配合后续的分支定界法,我们采用了树结构,并且进行DFS(深度优先搜索)。既然采用树结构,最简...

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一只羊

序列比对(19)基序发现和中间字符串问题

我们知道,DNA调控元件往往是一段相似的DNA序列。理想情况下这些序列完全一致,比如下面这样:

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一只羊

序列比对(17)第二部分的小结

HMM模型最关键的一点就是在一个状态序列中,某一步状态的概率只与上一步的状态有关。也正是因为与前面一步状态有关,所以HMM模型天然地适用动态规划算法。

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一只羊

序列比对(16)Baum-Welch算法估算HMM参数

前文《序列比对(15)EM算法以及Baum-Welch算法的推导》介绍了EM算法和Baum-Welch算法的推导过程。Baum-Welch算法是EM算法的一个特...

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一只羊

R——相关关系热图

如果想进一步改变图形效果,可以参考pheatmap函数的用法,修改相应的参数。比如:聚类方式改为complete,加上标题等。

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一只羊

Shell(一)好的操作习惯

前一段时间顺丰运维人员将生产数据库删除的传闻着实成为了新闻热词,如果传闻是真的,相信那位运维也是无心之过,可能只是一瞬的手误。但是代价太大了,业内人员都懂的。

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一只羊

Shell(二)常用命令和技巧

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