生信了

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一只羊

R语言作图——Violin plot with dot

小提琴图之前已经画过了,不过最近小仙又看到一种貌美的画法,决定复刻一下。 文献中看到的图如下:

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一只羊

R语言作图——Line plot with error

为了画今天的这个图,小仙决定凭空想象一台可以实时监控基因表达水平的设备,成功得到了这么一组数据。

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R语言作图——Ridgeline plot(山脊图)

首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式,建议大家在excel中保存成csv格式。

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cython初体验

笔者最近参与了一个项目,其目的是提升一个python程序的运行速度。其中一个手段就是利用cython来优化原来的python代码。笔者之前没有接触过cython...

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一只羊

浅谈python中的多线程和多进程(二)

前文《浅谈python中的多线程和多进程》中我们分享过一个例子,就是分别利用python中的多线程和多进程来解决高运算量的任务,从中看出二者的一些区别。其中一点...

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一只羊

浅谈python中的多线程和多进程

我们在进行生信分析时经常要处理大文件,如果用串行运算往往费时,所以需要并行运算以节省时间。目前,流行的生信工具通常都可以并行运算,比如bwa。通常来讲,我们进行...

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一只羊

生信(11)htslib处理bam或sam文件的简单示例

(本文写于2020年初,随着将来htslib和samtools库的更新,本文部分内容可能会不适用,请读者注意官网的更新动态。)

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R语言模拟疫情传播-RVirusBroadcast

前几天微博的一个热搜主题是“计算机仿真程序告诉你为什么现在还没到出门的时候!!!”,该视频用模拟的疫情数据告诉大家“不要随便出门(宅在家)”对战胜疫情很重要,生...

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R语言模拟疫情传播-gganimate包

前文《R语言模拟疫情传播-RVirusBroadcast》已经介绍了一种用R语言模拟疫情传播的方法,不过当时为了实时模拟数据(没有事先准备好的数据集可用)的动态...

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一只羊

R语言作图——Dot plot(点图)

2020开年不凡, 生活果然充满了惊吓,可仍然要期待惊喜呀。今天要给大家介绍的是点图(Dot plot),点图展示的数据比较简单,但胜在好看啊。

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一只羊

生信(十)利用kseq.h和regex.h实现类似grep查找fastq reads功能的示例(C语言)

做生信的朋友应该都很熟悉类Unix系统中的grep命令,该命令可以快速查找并输出包含目标字符串的行。在对fastq文件进行处理时,我们有时候需要查找包含特定字符...

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一只羊

生信(九)生信代码中的位操作

我们知道,0和1构成的二进制充斥着计算机语言的世界。一般来说,我们对二进制可以操作的最小单位就是一个bit(位)了,一个bit要么是0,要么是1。在编写代码的过...

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一只羊

R-概率统计与模拟(五)彩票连号、归纳法以及二项分布

由于微信公众号不支持Markdown,所以我们会将文章先发表在支持Markdown的csdn博客上,然后从公众号跳转到csdn博客。从本文开始,会尝试一段时间看...

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一只羊

用R画带ErrorBar的分组条形图

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一只羊

Python+selenium自动下载xml或exe文件

笔者最近在写一个小工具,需要从pubmed上批量下载包含文献信息的xml文件。很明显,这是一个爬虫任务,笔者选用了python+selenium的组合。代码写好...

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一只羊

R语言作图——Pie chart

今天要给大家介绍的Pie chart(饼图),本来是不打算写这个的,因为用Excel画饼图实在是太方便了。本着能少动一下是一下的懒人原则,是不打算用R画的,再说...

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一只羊

R语言作图——Lollipop chart(棒棒糖图)

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一只羊

(转载)用Annovar注释人类以外的基因组

Annovar是一款对基因组数据进行注释的软件。所谓注释,可以这样简单理解:我们知道二代测序下机后的序列经过比对后,会得到一系列变异数据,这些变异数据只是告诉我...

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一只羊

序列比对(27)BWT算法

bwa是目前最流行的二代测序比对工具,其中就用到了BWT算法。BWT(Burrows-Wheeler Transform)算法是一种数据转换算法,它将一个字符串...

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一只羊

(转载)Python的configparser模块

做生信的同学在使用类Unix系统的时候,经常会接触配置文件(config)。就笔者自己的经验而言,配置文件的常见格式有如下几种:

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