RNA相互作用神器——ENCORI

ENCORI (The Encyclopedia of RNA Interactomes，http://starbase.sysu.edu.cn/index.php) 听起来好像有点陌生，但是我相信他的前身很多人应该都听过，很可能还用过，starbase。提起这个数据库，小编还是很引以为傲的，他是由中山大学开发的一个专门针对RNA相互作用的综合型数据库。2014年v2.0发表在核酸研究上，到现在引用已经上千了。目前这个数据已经更新到v3.0了。

里面包含的数据很全面，有miRNA-mRNA相互作用，miRNA-lncRNA相互作用，miRNA-circRNA相互作用，还有现在比较火的ceRNA网络相关的数据。并且这个数据库中的数据并不是完全基于预测得到的，有免疫共沉定的实验数据支持，相对来说还是比较可信的。

这个数据库的界面也很简介清晰，需要查询miRNA的靶基因，只需要在菜单栏上选择相应的标签就可以

比如说我们想查找人的hsa-miR-20a-5p靶向的mRNA，只需在左侧输入相关的参数就可以了，然后右上角就可以下载miRNA靶基因的信息。

同样的方法也可以查找miRNA靶向的lnRNA和circRNA。这个数据库也可以反向查询，有感兴趣的mRNA，lncRNA或者circRNA，想看看受那些miRNA调控，同样可以在左侧target gene里进行设置然后查询。

如果手上只有几个感兴趣的miRNA，mRNA，lncRNA或者circRNA，那么手动去网站上查一查就可以了。但是如果手上有成百上千个candidates怎么办，那估计一天都要坐在电脑前面点网页了。 ENCORI不提供所有结果的一次性下载，这该如何是好。上帝对你关上一扇门的时候，一定会为你留一扇窗。 ENCORI提供了一个接口（API），供你去用程序批量下载。http://starbase.sysu.edu.cn/tutorialAPI.php。这个接口支持多种编程语言，shell，python和perl。实际上R也是支持的，小编就亲测可行。网站提供了详细的说明文档，还有实例。大家可以自己试试。

下面是小编写的R代码，用来下载ENCORI数据库中所有人的miRNA-RNA相互作用数据。这里用到的hg19_all_fimaly.txt文件是下面网页中的reference data 。http://starbase.sysu.edu.cn/tutorialAPI.php

family=read.table("hg19_all_fimaly.txt",sep="\t")
miRNA=unlist(strsplit(as.character(family$V4),","))
dir.create("mRNA")
for(mir in miRNA){
file=paste("mRNA/",mir,".txt",sep="")
link=paste("http://starbase.sysu.edu.cn/api/miRNATarget/?assembly=hg19&geneType=mRNA&miRNA=",mir,"&clipExpNum=1&degraExpNum=0&pancancerNum=0&programNum=1&program=None&target=all",sep="")
download.file(link,file)
Sys.sleep(5)
}

这个网站在访问量比较大的时候会关掉外部访问，仅供中山大学内部使用。所以自己在本地保存一份所有结果还是很有必要的，这样就不会在十万火急的时候束手无策。如果你不想自己去下载，小编这里已经下载了人和鼠的所有miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA相互作用数据。