WES plus该如何设计？

WES最近在产前方面有了指南，如果WES在全面包含单基因病的同时，能同时比较全面覆盖CMA能cover到的CNV/UPD，那这样的WES的产品力就很强大了。

我们可在一款质量稳定且覆盖全面的WES的target region的基础上均匀地在基因间区和内含子区设计一些东亚人群频率接近0.5 的backbone的探针，同时在在捕获均一性方面发点力。我们也可借助WES分析出来的SNP的VAF信息分析UPD/LOH，是否有母源污染等情况。这样的WES就很全面了，对于产前这种时效性强、准确性要求又高的需求来说就非常合适了。

其实也已经有文献这么做过了，而且他们还与其他CNV检测技术做了详细的比较，具体可参考下这篇文章

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29784605/

我总结下我们的设计原则，具体设计如下：

1. 确保WES的基础target region包含绝大部分的small/monogenic/exonic CNV，如果没有包含则需要增加探针把这些尽量考虑进来。https://www.nature.com/articles/gim2016132.pdf 这个参考文件提供了一些500kb以下的小CNV的list, 也可从 OMIM的 molecular genetics关键字 检索下 deletion|exon|duplication 等关键字，如STS，PLP1，MSH2等基因。

2. 包含Y染色体的关键基因和区域（AZF）

3. 包含线粒体全长

4. Homologous genes 需要在他们互相有差异的地方设计探针，如RHD/RHCE,HBA1/HBA2基因的差异区域是否有设计探针