之前,小编教过大家使用Conda轻松安装生信工具,但有时候公共服务器由于安全原因是不能连接外网的,无法使用Conda在线安装软件,今天小编就教大家在离线环境下使用Conda安装软件。
由于服务器是公共的,所以我们在安装Conda时要注意不要将Conda添加至环境变量,以免引起服务器中某些工具无法使用。
## 安装Conda
sh Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
根据指示按回车键和输入"yes"。
出现上面界面时,可以自定义Conda的安装路径,如不输入则默认安装在home目录下。
出现上面界面时,输入"no",完成安装。
进入Conda安装目录,激活Conda环境。
## 进入Conda安装目录
cd ./miniconda2/bin
## 激活Conda环境
source ./activate
之后我们可以在bioconda上搜索我们想安装的软件,如"rmats"。
选择需要的版本下载。
下载好后将文件传至服务器,输入下面的命令离线安装。
## 离线环境安装软件
conda install --offline -f rmats-4.0.2-py27hd8e4039_4.tar.bz2
执行完后软件就安装好啦!
## 查看安装好的软件
cd ./miniconda2/pkgs/rmats-4.0.2-py27hd8e4039_4/bin
参考资料:
https://www.zhihu.com/question/45987778