生信小王子

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R语言绘图 | 调整ggplot2坐标轴标签排列顺序

"ggplot2"是我们常用的绘图包,但是使用ggplot2绘图时,输出的坐标轴标签总是按照字母排序,无法使用我们输入文件中排列的顺序。今天小编就教大家解决这一...

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Coronavirus GenBrowser:新冠数据分析好帮手

历时近七个月,在四个单位的10余个专家、程序猿/媛的共同努力下,GenBrowser正式上线啦!GenBrowser不但建立了新的理论体系,还从无到有建立了完整...

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Phenotype : 大规模表型数据处理工具

"Phenotype"一共包含4个函数,分为"outlier"、"stat"、"histplot"和"blup"。

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报错坑 | LDSC安装报错怎么解决?

做一项分析之前,我们首先要做的就是安装软件、配置环境,但很多时候,我们往往会遇到各种奇奇怪怪的报错,卡在这一环节上。"报错坑"这个专题会搜集一些我们平时安装软件...

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使用PopLDdecay快速进行连锁不平衡分析

PopLDdecay是一个快速进行连锁不平衡衰减分析的工具,只需输入vcf文件就可完成所有分析,计算速度非常快。

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使用Mfuzz进行转录组表达模式聚类分析

Mfuzz是用来进行不同时间点转录组数据表达模式聚类分析的R包,使用起来非常方便,直接输入不同样本归一化后的counts或者FPKM及TPM值就可进行聚类。

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利用cutree划分pheatmap聚类结果

之前小编教大家使用pheatmap快速绘制热图,直接利用cluster_rows对行进行聚类,但是聚类后我们怎么得到聚类结果呢?今天小编就教大家利用cutree...

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离线环境下使用Conda安装软件

之前,小编教过大家使用Conda轻松安装生信工具,但有时候公共服务器由于安全原因是不能连接外网的,无法使用Conda在线安装软件,今天小编就教大家在离线环境下使...

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使用eggnog-mapper进行功能注释

对于许多做非模式生物的同学来说,没有现成的功能注释可用是非常难受的一件事。而blast2go虽然可以一步到位帮你完成功能注释,但它是收费的。这时,我们可以使用e...

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GWAS | 使用GEMMA进行全基因组关联分析

GEMMA (Genome-wide Efficient Mixed Model Association) 是基于混合模型进行全基因组关联分析的工具。运行速度非...

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R语言绘图 | 绘制QQ图和曼哈顿图

QQ图和曼哈顿图是GWAS结果展示必备的图,今天小编教大家使用R包"CMplot"绘制这两个图。

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一文掌握Plink文件格式转换

Plink是我们常用的全基因关联分析工具,具有多种文件格式。许多分析工具都需要Plink的文件格式作为输入文件,今天小编就带大家掌握多种Plink文件格式的转换...

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批量提取基因上下游指定范围内的SNP标记

我们在研究过程中,经常需要提取基因附近指定范围内的SNP标记进行下一步的分析验证,如果用Excel一个一个去根据位置筛选会非常麻烦,所以小编写了一个小工具,帮助...

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生信基础 | 使用BLAST进行序列比对

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具,直接输入fastq格式的序列文件就可进行比对。

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转录组分析 | 使用DESeq2进行基因差异表达分析

通过RSEM我们获取了样本中每个基因的counts和表达量,接下来使用tximport校正不同样本间基因长度的差异。

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轻松上传超过100M的文件至GitHub

GitHub是我们常用的代码托管平台,但GitHub有一个限制,不能上传超过100M的文件。

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专属于六倍体小麦的Bioconductor注释包

小编之前写过一篇推送 使用clusterProfiler对非模式生物进行富集分析,教大家使用clusterProfiler中的enricher函数进行富集分析。

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使用R语言计算遗传力

遗传力 (Heritability) 又称遗传率,指遗传方差在总方差(表型方差)中所占的比值。遗传力表明某一性状受到遗传控制的程度。它介于0到1之间,当遗传力为...

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转录组分析 | 使用RSEM进行转录本定量

运行STAR后,我们将reads比对到了参考序列上。接下来,我们需要使用RSEM进行转录本定量。

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使用R/qtl进行QTL分析

QTL分析是进行基因精细定位和克隆的基础,今天小编教大家使用R包" qtl "进行QTL分析。

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