在美帝的服务器的prefetch和aspera下载比较

如果你的服务器在中国大陆，基本上就放弃prefetch啦，直接aspera即可。但是如果是在海外，就可以尝试比较prefetch和aspera下载速度。

需要注意的是：什么，SRA测序数据要收费了，同样的，需要熟悉GEO和SRA数据库编号规则：

• 解读GEO数据存放规律及下载，一文就够
• 解读SRA数据库规律一文就够

获得文献里面的数据集里面的样本的数据库里面的ID列表，但是ncbi的sratoolkit有可能不好用，比如prefetch命令下载sra文件速度太慢，可以参考：使用ebi数据库直接下载fastq测序数据 , 需要自行配置好aspera从ebi下载的软件环境，然后去EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件：

• 比如一个文章的测序数据项目地址是：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB33490

可以使用conda安装aspera和prefetch

其中prefetch属于 sra-tools，而aspera属于aspera-cli，都是需要先搜索它们拿到官方下载方式，我已经给大家找好了，如下：

# wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  
# echo $SHELL
conda create -y  -n download 
conda activate download 
conda install -y -c hcc aspera-cli
conda install -y -c bioconda sra-tools
which ascp 
## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪
ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh

我们已经多次介绍过conda细节了，这里就不再赘述。

• conda管理生信软件一文就够
• 生信技能树B站软件安装视频
• https://www.bilibili.com/video/av28836717

开始测试

我们直接在 https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB33490 找到第一个样本的数据来进行测试，全部的代码如下：

首先看看wget的速度：

wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR344/007/ERR3445007/ERR3445007_1.fastq.gz

因为这个数据太小了，所以我们的服务器的网速体现不出来，其实正常情况下都是100M/s的！

然后测试prefetch命令：

prefetch ERR3445007

速度也是太快了，我根本就反应不过来：

最后是aspera，

id=fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR344/007/ERR3445007/ERR3445007_1.fastq.gz
ascp -QT -l 300m -P33001  \
-i ~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh   \
era-fasp@$id  .

也是数据量太小了 ，根本就体现不出来我们的服务器的网络优势，唉，高手寂寞啊！

测试了另外的数据集，发现速度是接近200Mb/s，一般般啦！