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R语言meta分析(10)功能强大的metafor

介绍

Metafor 程序包由Viechtbauer 开发,除可完成 二分类及连续性变量的Meta 分析外,还可行Meta 回归分析、累积Meta 分析及对发表偏倚的Begg’s 检验和Egger’s 检验,同时可以绘制森林图(forest plot)、漏斗图(funnel plot)、星状图(radial plot)、 拉贝图(L’Abbé plot)以及 Q-Q 正态分位图(Q-Q normal plot)。此外,Metafor 程序包是R 软件Meta 分析程序包中唯一可以进行混合效应模型(包括单 个、多个分类或连续性变量)拟合运算的程序包, 还可以检验模型系数并获得可信区间,以及对参数 进行精确检验如置换检验(permutation tests)。

rm(list=ls()) 

options(stringsAsFactors = F)

my_data <- read.csv('da.csv', header = T)

library(metafor)


# look at data
my_data


# select the first row of your data
my_data[1, ]

str(my_data)

my_data <- escalc(n1i = n_controls, n2i = n_patients, m1i = mean_controls, m2i = mean_patients, 
                  sd1i = sd_controls, sd2i = sd_patients, data = my_data, measure = "SMD", 
                  append = TRUE)


ma_model_1 <- rma(yi, vi, data = my_data)
summary(ma_model_1)
ma_model_1$pval


p1 <- forest(ma_model_1,
       slab = paste(my_data$study, 
                    as.character(my_data$year), sep = ", "))


funnel(ma_model_1)

输入数据格式

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