R语言meta分析（10）功能强大的metafor

用户1359560

发布于 2020-08-28 02:30:35

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介绍

Metafor 程序包由Viechtbauer 开发，除可完成二分类及连续性变量的Meta 分析外，还可行Meta 回归分析、累积Meta 分析及对发表偏倚的Begg’s 检验和Egger’s 检验，同时可以绘制森林图（forest plot）、漏斗图（funnel plot）、星状图（radial plot）、拉贝图（L’Abbé plot）以及 Q-Q 正态分位图（Q-Q normal plot）。此外，Metafor 程序包是R 软件Meta 分析程序包中唯一可以进行混合效应模型（包括单个、多个分类或连续性变量）拟合运算的程序包，还可以检验模型系数并获得可信区间，以及对参数进行精确检验如置换检验（permutation tests）。

rm(list=ls()) 

options(stringsAsFactors = F)

my_data <- read.csv('da.csv', header = T)

library(metafor)


# look at data
my_data


# select the first row of your data
my_data[1, ]

str(my_data)

my_data <- escalc(n1i = n_controls, n2i = n_patients, m1i = mean_controls, m2i = mean_patients, 
                  sd1i = sd_controls, sd2i = sd_patients, data = my_data, measure = "SMD", 
                  append = TRUE)


ma_model_1 <- rma(yi, vi, data = my_data)
summary(ma_model_1)
ma_model_1$pval


p1 <- forest(ma_model_1,
       slab = paste(my_data$study, 
                    as.character(my_data$year), sep = ", "))


funnel(ma_model_1)

输入数据格式