lncRNA最新版在线可视化神器

今天带给大家两款超实用lncRNA在线可视化工具。其中还包含单细胞的肿瘤相关lncRNA分析哦~TCGA这个肿瘤研究的宝库包含了多个肿瘤的生存数据，一直以来都是数据挖掘的宝库。对于想要研究肿瘤的医学生来说，不会R语言编程是个痛点，今天给大家介绍两款超实用在线可视化小工具供大家参考学习，方便大家研究肿瘤相关lncRNA的基因表达与临床预后相关性。

一、Lnc2Cancer3.0

Lnc2Cancer[1]（http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer/index.html）收录了lncRNA或circRNA与人类癌症之间全面的实验支持关联。在以前的版本相比，当前的3.0版本已收录通过审查的1,5000多篇已发表的论文，包含10,346个条目，2,775个人类lncRNA，743个circRNA和226种癌症亚型相关的lncRNA-癌症关联。新增加了约1,049个实验支持的circRNA-癌症关联与743个circRNA和70种人类癌症亚型。以及新增了与实验证明的癌症相关lncRNA和circRNA的调控机制部分，以及一个单细胞分析平台，用于探索癌症相关的lncRNA。同时提供了实验支持的包括microRNA、转录因子、突变、甲基化和增强子在内的分子调节机制，多种生物学功能（如细胞生长、凋亡、自噬、上皮间质转化、免疫和编码能力）和转移、复发、耐药性以及预后等临床应用。主页我们可以在搜索栏中输入lncRNA、circRNA和cancer进行快速检索，并通过下图红框中的条目快速浏览lncRNA和circRNA的调节机制，功能和临床应用。

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Single Cell Web Tools

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RNA-seq Web Tools

RNA-seq网络工具是该数据库中的一个重头戏，包含用于挖掘与癌症相关的lncRNA的复杂功能，包括一般信息，差异表达分析，箱式图，阶段图，生存分析，相似的lncRNA鉴定，相关分析，网络构建和TF基序预测。同样使用的是从TCGA数据集获得的，其中包含15878个lncRNA，33种癌症类型，9664种肿瘤和711例正常对照样品。

① 一般信息

② 差异表达分析（DEA）

③ 肿瘤病理阶段小提琴图

④ 生存分析

⑤ 相关分析

⑥ 分子网络构建

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数据下载

二、OncoLnc数据库

OncoLnc [2]（http://www.oncolnc.org/）可以对TCGA的mRNA、miRNA、lncRNA进行分析。进入网站后，在主页检索栏中输入目的基因名，则可以显示一个基因在多个肿瘤中对生存分析结果，点击“Submit”进行检索。我们还可以按照肿瘤类型检索相关基因，并可以直接进入下载界面，下载mRNA、miRNA、lncRNA在相应肿瘤中的表达矩阵。

参考文献

[1] Ning S, Zhang J, Wang P, et al. Lnc2Cancer: a manually curated database of experimentally supported lncRNAs associated with various human cancers. Nucleic Acids Res. 2016;44(D1):D980-D985. doi:10.1093/nar/gkv1094

[2] Anaya J. 2016. OncoRank: A pan-cancer method of combining survival correlations and its application to mRNAs, miRNAs, and lncRNAs. PeerJ Preprints 4:e2574v1 https://doi.org/10.7287/peerj.preprints.2574v1