蛋白质数据库(PDB)是生物大分子3D结构的存储库,其中包含其原子的坐标,通过使用两个原子的这些坐标,可以计算它们之间的距离。使用典型的pdb文件,可以使用类似于Biopython文档中介绍的方法来计算结构中两个原子之间的距离。如下所示:
%reset -f
%clear
# In[*]
from modeller import *
import os
os.chdir("D:\\SCIwork\\F27\\domains")
from modeller import *
from modeller import *
from Bio import PDB
parser = PDB.PDBParser()
pdb1 ='./4twu.pdb'
structure = parser.get_structure("4twu", pdb1)
model = structure[0]
chain = model['A']
residue1 = chain[1]
residue2 = chain[2]
atom1 = residue1['CA']
atom2 = residue2['CA']
distance = atom1-atom2
print(distance)
3.7944605
可以得到1号和2号氨基酸的α碳原子的距离为3.79埃。