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python和R语言计算蛋白质内部氨基酸相互作用

蛋白质数据库(PDB)是生物大分子3D结构的存储库,其中包含其原子的坐标,通过使用两个原子的这些坐标,可以计算它们之间的距离。使用典型的pdb文件,可以使用类似于Biopython文档中介绍的方法来计算结构中两个原子之间的距离。如下所示:

%reset -f
%clear

# In[*]

from modeller import *
import os
os.chdir("D:\\SCIwork\\F27\\domains")
from modeller import *
from modeller import *
from Bio import PDB
parser = PDB.PDBParser()

pdb1 ='./4twu.pdb' 
structure = parser.get_structure("4twu", pdb1) 
model = structure[0] 
chain = model['A'] 
residue1 = chain[1] 
residue2 = chain[2]
atom1 = residue1['CA'] 
atom2 = residue2['CA'] 

distance = atom1-atom2 

print(distance)
3.7944605

可以得到1号和2号氨基酸的α碳原子的距离为3.79埃。

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