让你的基因有名字
下面是《生信入门第10期》学员投稿
分享一下学员笔记，主要是她跟了我们《数据挖掘》课程后，在进行GO富集分析可视化遇到的问题：展示通路的共同基因绘图时无法显示基因名，只显示ID号码
第一次绘图
下面展示代码：
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
library(DOSE)
data("geneList")
diffGenes=names(head(geneList,200))
allGene=names(geneList)
ego_CC <- enrichGO(gene = diffGenes,
OrgDb='org.Hs.eg.db',
ont = "CC",
universe= allGene )
cnetplot(ego_CC, foldChange=geneList)
cnetplot绘图函数效果如下所示：
非常漂亮啦，但是展示通路的共同基因绘图时无法显示基因名，只显示基因的ID号码。
在学习班的微信群咨询了jimmy老师后，不仅仅拿到了解决方案，还记录了这个笔记！
加上 readable = T 后继续绘图
修改后GO富集分析代码
ego_CC <- enrichGO(gene = diffGenes,
OrgDb='org.Hs.eg.db',
ont = "CC",
universe= allGene ,
pAdjustMethod = "BH",
pvalueCutoff = 1,
qvalueCutoff = 1,
readable = T)
cnetplot(ego_CC, foldChange=geneList)
readable要是T，否则就无法显示基因名，现在效果如下：
Enrichment Map富集时报错
另外，她还遇到了Enrichment Map富集时报错，也是通过自己的搜索解决了问题：
Term similarity matrix not available. Please use pairwise_termsim function to deal with the result
处理方法：
library(enrichplot)
ego_CC2 <- pairwise_termsim(ego_CC)
emapplot(ego_CC2)
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原始发表：2020-12-14，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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