下面是《生信入门第10期》学员投稿
分享一下学员笔记,主要是她跟了我们《数据挖掘》课程后,在进行GO富集分析可视化遇到的问题:展示通路的共同基因绘图时无法显示基因名,只显示ID号码
下面展示代码:
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
library(DOSE)
data("geneList")
diffGenes=names(head(geneList,200))
allGene=names(geneList)
ego_CC <- enrichGO(gene = diffGenes,
OrgDb='org.Hs.eg.db',
ont = "CC",
universe= allGene )
cnetplot(ego_CC, foldChange=geneList)
cnetplot绘图函数效果如下所示:
非常漂亮啦,但是展示通路的共同基因绘图时无法显示基因名,只显示基因的ID号码。
在学习班的微信群咨询了jimmy老师后,不仅仅拿到了解决方案,还记录了这个笔记!
修改后GO富集分析代码
ego_CC <- enrichGO(gene = diffGenes,
OrgDb='org.Hs.eg.db',
ont = "CC",
universe= allGene ,
pAdjustMethod = "BH",
pvalueCutoff = 1,
qvalueCutoff = 1,
readable = T)
cnetplot(ego_CC, foldChange=geneList)
readable要是T,否则就无法显示基因名,现在效果如下:
另外,她还遇到了Enrichment Map富集时报错,也是通过自己的搜索解决了问题:
Term similarity matrix not available. Please use pairwise_termsim function to deal with the result
处理方法:
library(enrichplot)
ego_CC2 <- pairwise_termsim(ego_CC)
emapplot(ego_CC2)