pybedtools:对bedtools的封装和扩展
bedtools是区间操作最常用的软件，pybedtools对其进行了封装，可以在python编程环境中灵活使用bedtools,而且进一步拓展出了很多有用的功能。
在pybedtools中， 核心是以下两个对象
1. BedTool
2. feature
BedTools表示一个区间文件，支持BED, GTF, GFF, BAM等多种格式以及对应的压缩文件，feature表示文件的每一行，包含了染色体，起始，终止位置等相关属性和信息。
1. BedTool
构建BedTool对象的代码如下
>>> import pybedtools
>>> a = pybedtools.BedTool('a.bed')bedtools这个软件相关的子命令，都在pybedtools中进行了实现，以取交集为例，对应的用法如下
>>> a = pybedtools.BedTool('a.bed')
>>> b = pybedtools.BedTool('b.bed')
>>> a.head()
chr1 1 100 feature1 0 +
chr1 100 200 feature2 0 +
chr1 150 500 feature3 0 -
chr1 900 950 feature4 0 +
>>> b.head()
chr1 155 200 feature5 0 -
chr1 800 901 feature6 0 +
>>> a_and_b = a.intersect(b)
>>> a_and_b.head()
chr1 155 200 feature2 0 +
chr1 155 200 feature3 0 -
chr1 900 901 feature4 0 +取交集对应的函数为intersect, 对于bedtools子命令的相关选项，则以函数参数的形式封装在对应的函数中。
进行运算之后，结果可以通过如下两种方式来保存
>>> a_and_b.saveas('intersect.bed', trackline='track name')
>>> a_and_b.moveto('intersect.bed')saveas操作支持添加trackline, 在基因组浏览器中展示，而moveto方法只是简单的保存结果。本质上，pybedtools的运算结果，都以临时文件的形式存在，saveas相当于拷贝临时文件，生成新文件，moveto相当于重命名临时文件，速度更快。
在pybedtools中，大部分函数的返回结果都是BedTools对象，因此可以接受连缀写法，示例如下
>>> a.intersect(b, u=True).saveas('a-with-b.bed').merge().saveas('a-with-b-merged.bed')与此同时，考虑到区间操作的特性，还进行了运算符重载，比如+号表示并集，-号表示差集，示例如下
>>> x1 = a.intersect(b, u=True).merge()
>>> x2 = (a + b).merge()
>>> x1 == x2
True2. feature
feature对象是文件中的一行，可以通过下标来访问，示例如下
>>> a[0]
Interval(chr1:1-100)
>>> feature = a[0]
>>> print(feature)
chr1 1 100 feature1 0 +对于feature中的每一列信息，可以通过数字下标，属性值，key这3种方式来访问，示例如下
>>> feature[0]
'chr1'
>>> feature[1]
'1'
>>> feature.start
1
>>> feature.stop
100
>>> feature['name']
'feature1
>>> feature['chrom']
chr1feature还拥有fields属性，以列表的形式存储了对应的值，可以用于遍历操作，示例如下
>>> feature.fields
[u'chr1', u'1', u'100', u'feature1', u'0', u'+']对于feature而言，pybedtools提供了each和filter操作，进一步扩展其功能。filter操作则用于过滤行操作，过滤掉长度小于100feature的代码，示例如下
>>> a.filter(lambda x:len(x)> 100)each操作对每一行进行遍历，主要用于统计一些新的指标；统计每个区间长度的代码，示例如下
>>> a_and_b = a.intersect(b)
>>> print(a_and_b)
chr1 155 200 feature2 0 +
chr1 155 200 feature3 0 -
chr1 900 901 feature4 0 +
>>> def cal_len(feature):
... feature.score = len(feature)
... return feature
...
>>> print(a_and_b.each(cal_len))
chr1 155 200 feature2 45 +
chr1 155 200 feature3 45 -
chr1 900 901 feature4 1 +以上只是pybedtools的基本用法，更多的用法可以查看官方的API文档。
·end·