蛋白质内部氨基酸之间的相互作用②pymol
(1) 选中蛋白质的两个相邻的b-sheet，命名为sel1，sel2。
(2) 添加氢原子
h_add CTGF1(3) 设置氢键的donor和acceptor
select don, (elem n,o and (neighbor hydro))
select acc, (elem o or (elem n and not (neighbor hydro)))(4) 得到氢键。
dist HBA, (sel1 and acc),(sel2 and don), 3.2
dist HBD, (sel1 and don),(sel2 and acc), 3.2
(5) 计算距离
dist contact, sel1, sel2, 3
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