iScience-安娜卡列尼娜原则的应用

Published: April 24, 2020

Link: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2589004220301917#bib17

之前介绍过一篇文章：

Nature microbiology：微生物群落的安娜·卡列尼娜原则

但是一直不知道具体怎么用。此文将该原则用于人类疾病相关微生物中。

结果表明：

大约有一半的微生物相关疾病是AKP引起的；

AKP效应主要受优势微生物的影响；

约有四分之一的微生物相关疾病具有anti-AKP效应；

所有的物种似乎都在影响anti-AKP的作用中发挥同等的作用。

AKP效应的一个标志是群落组成的异质性和/或随机性增加，而这可以用beta多样性来衡量。

J.R. Zaneveld, R. Mcminds, R. Vega Thurber. Stress and stability: applying the Anna Karenina principle to animal microbiomes

Nat. Microbiol., 2 (2017), p. 17121

AKP的另一个标志是随机性的增加，而这就和群落构建理论联系起来。可以用多种群落构建方法进行验证。本文用的是NST方法。

展望

未来AKP理论的检验可以从三个方面展开:

一是利用时间数据；这对于研究多样性-稳定性关系(diversity-stability relationship，DSR)是必要的，还可同时评估与AKP效应相关的时间异质性。

二是同时评估和解释确定性与随机性的平衡和相对重要性。需要方法上的创新和更复杂的数据集。

三是进行“交叉疾病（cross-diseases）”测试:在相同的研究中，与不同疾病相关的微生物是否比对照组健康的微生物群更具异质性?