gtsummary|巧合-绘制多种数据汇总表“神器”
巧合？
今（昨）天上午时候交流群里一个小伙伴关于管道符疑问中出现了tbl_summary函数，下午另一个小伙伴有table1相关疑问。
晚上想起上午时候提示我没有tbl_summary函数，查到是gtsummary包的，习惯性看了下包的功能，这不是也可以绘制三线表？
惊了，于是有了这篇分享。
1
下载R包，数据
使用内置数据集演示
#install.packages("gtsummary")
library(gtsummary)
#查看内置数据集
head(trial)
2
绘制table1
2.1 简单表格
#先选择部分变量进行展示
trial2 <- trial %>% select(age, grade, death, trt)
# 绘制
table1 <- tbl_summary(trial2)
table1
可以看到连续型变量使用的是中位数（四分位数），分类变量使用的 个数（比例）。
但是不是缺点什么？
文献中的表1，是不是会有分组？是不是会有总体描述？是不是会有P值？是不是会有mean(sd) ？那就加！
2.2 小修小改
1）添加一下参数，完成上述需求
table2 <-
tbl_summary(
trial2,
by = trt, # 分组
statistic = list(all_continuous() ~ "{mean} ({sd})"),
missing = "no" #
) %>%
add_n() %>% # 添加非NA观测值个数
add_p() %>% # 添加P值
add_overall() %>%
modify_header(label = "**Variable**") %>% # 标签列header
bold_labels() #label 粗体
呐，都有了
。。。
2）又发现连续型数据的检验方式可不可以用t检验？必须可以！
table3 <-
tbl_summary(
trial2,
by = trt, # 分组
statistic = list(all_continuous() ~ "{mean} ({sd})")
) %>%
add_p(test = list(all_continuous() ~ "t.test")) # 添加P值就可以根据需求，结合着使用就可以绘制文献中的 “Table1”了 ！
那为什么题目不叫绘制表一，因为表2 ，表3也能绘制啊！
3
模型结果数据
3.1 逻辑回归模型
#构建逻辑回归mod1 <- glm(response ~ trt + age + grade, trial, family = binomial)t1 <- tbl_regression(mod1, exponentiate = TRUE)t1
直接把结果提取出来了 且 绘制成了表格，不香吗？
3.2 COX生存分析
生信中出镜率极高的COX生存模型呢，结果可以直接用吗？
自信点，去掉吗
library(survival)
t2 <-
coxph(Surv(ttdeath, death) ~ trt + grade + age, trial) %>%
tbl_regression(exponentiate = TRUE)
t2
HR ， 95%CI ,P value 都有了，，，
3.3 结果合并
甚至你还可以用tbl_merge函数将多个结果合并在一起，，这有点6了啊
# merge tables
tbl_merge_ex1 <-
tbl_merge(
tbls = list(t1, t2), tab_spanner = c("**Tumor Response**", "**Time to Death**") #防止混淆，定义名字
)
好了，多谢“巧合”，发现了一个简单实用的绘制多种统计表的方式。
四 参考资料：
http://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/
http://www.danieldsjoberg.com/gtsummary/articles/gallery.html
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原始发表：2021-01-15，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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