西游东行

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单细胞天地

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R|散点图+边际图(柱形图,小提琴图),颜值区UP

散点图作为一种展示2组连续变量关系的常用可视化方式之一,添加点,线,箭头,线段,注释,甚至函数,公式,方差表都没有问题。

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UpSet|多集合可视化,韦恩图?upSet!

介绍一个R包UpSetR,专门用来集合可视化,当多集合的韦恩图不容易看的时候,就是它大展身手的时候了。

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compareGroups包,超级超级强大的临床基线特征表绘制包

compareGroups包可以通过分组变量来创建单变量分析结果的基线特征表,在创建出表格后可以导出各种格式用于报告。

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ggballoonplot|气球图-多分类数据可视化

ggballoonplot(气球图)可用于多分类数据的可视化展示,其中每个单元格都包含一个点,其大小反映了相应组件的相对大小。

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差异分析|DESeq2完成配对样本的差异分析

前段时间拿到一个RNA-seq测序数据(病人的癌和癌旁样本,共5对)及公司做的差异分析结果(1200+差异基因),公司告知用的是配对样本的DESeq分析。

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生存分析|知道这些又没有坏处

生存分析:研究各个因素与生存时间有无关系以及关联程度大小。可拓展到疾病复发时间,机器的故障时间等。

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gtsummary|巧合-绘制多种数据汇总表“神器”

今(昨)天上午时候交流群里一个小伙伴关于管道符疑问中出现了tbl_summary函数,下午另一个小伙伴有table1相关疑问。

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TCGA|根据somatic mutation绘制突变景观图(oncoplot)和基因词云

使用 XENA下载的TCGA-LAML.mutect2_snv.tsv文件绘制基因词云和突变景观图。

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TCGA | 以项目方式管理代码数据 以及 数据读取存储

以项目的方式管理R代码和文件,可以很大程度规避 1)工作路径不对,2)找不到文件 ,3)代码和文件不对应 ,等常见的问题。

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TCGA数据挖掘 | Xena - TCGA数据下载

TCGA (The Cancer Genome Atlas)作为目前超常用的癌症基因信息的数据库,有多种肿瘤的表达谱数据,变异信息(mutation,copy ...

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R-ggpmisc|回归曲线添加回归方程,R2,方差表,香不香?

散点图绘制回归曲线很常用,那么添加上回归方程,P值,R2或者方差结果表等可以展示更量化的信息。

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R-rbind.fill|列数不一致的多个数据集“智能”合并,Get!

Q:多个数据集,列数不一致,列名也不一致,如何按行合并,然后保留全部文件的变量并集呢?

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R-apply| 基因表达量批量二分类,Get!(修正版)

生信或者数据挖掘中经常会遇到需要把连续的表达量数据转为分类变量。比如基因表达量二分类进行后续的生存分析。

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R|tableone 快速绘制文章“表一”-基线特征三线表

生物医学或其他研究论文中的“表一”多为基线特征的描述性统计。使用R单独进行统计,汇总,然后结果复制到excel表中,耗时耗力且易错!

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盘一盘Tidyverse| 只要你要只要我有-filter 筛选行

本示例数据集很小,实际中数据量很大,可以根据使用filter()函数筛选出后续需要的“行”子集。

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2-14 |“特殊”的日子,多学一种表达爱的方式

特殊的日子,需要一个特殊的数据集!ggwordcloud内置数据集包含全世界147种爱你的语言,用R送给TA一份远程的爱。

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盘一盘Tidyverse| 筛行选列之select,玩转列操作

数据导入和数据整理较乏味和无聊,很容易从入门到放弃!从数据转换和可视化开始,容易看到成果,保持学习的动力。

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工欲善“python”事,必先利其器-Anaconda & Jupyter

Python是一种跨平台的计算机程序设计语言。是一种面向对象的动态类型语言,最初被设计用于编写自动化脚本(shell),随着版本的不断更新和语言新功能的...

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barplot3d|圣诞节送你一个mutation signature搭建的“乐高”

上次通过deconstructSigs|探寻cosmic的独特“气质”-mutation signature !学会了如何利用deconstructSigs-R...

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