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发表了文章 2024-07-242024-07-24 14:09:31

RNAseq｜Mime代码版-终极101 种机器学习算法组合构建最优预后模型

Mime1为构建基于机器学习的集成模型提供了一个用户友好的解决方案，利用复杂的数据集来识别与预后相关的关键基因。

生信补给站 2024-07-242024-07-24 14:09:31

数据、机器学习算法、机器学习、mime、模型

发表了文章 2024-07-122024-07-12 12:30:49

scRNA | scTCR中 T细胞动态变化（Startrac）vs scRNA指数评分

前面单细胞免疫组库VDJ|和Nature学STARTRAC，定量T细胞动态变化介绍了2018年NATRUE 文章中的STARTRAC方法，可以应用于单细胞免疫组...

生信补给站 2024-07-122024-07-12 12:30:49

data、后台、可视化、数据、迁移

发表了文章 2024-06-062024-06-06 15:48:00

scRNA | 和顶刊学分析，OR值展示不同分组的细胞类型差异

在对单细胞数据进行注释后，通常会使用柱形图比较不同分组之间的cluster/celltype差异 scRNA分析|单细胞文献Fig1中的分组umap图和细胞...

生信补给站 2024-06-062024-06-06 15:48:00

可视化、数据、count、meta、函数

发表了文章 2024-04-262024-04-26 11:15:54

scRNA|R版CytoTRACE v2从0开始完成单细胞分化潜能预测

CytoTRACE v2 在2024.03月发表在预印本Mapping single-cell developmental potential ...

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数据、算法、对象、函数、可视化

发表了文章 2024-04-252024-04-25 15:49:47

scRNA|使用scMetabolism完成单细胞代谢激活分数估计

之前介绍过 scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分，然后可视化目标基因集合的打分，这里介绍scMetabolism包...

生信补给站 2024-04-252024-04-25 15:49:48

函数、可视化、数据、data、对象

发表了文章 2024-04-242024-04-24 15:52:01

RNAseq | ComplexHeatmap绘制临床数据热图（所见即所得）

当使用各种机器学习方法（CoxBoost，Lasso，SuperPC，randomForestSRC，Elastic Net等）完成预后模型后，除了在组学层面（...

生信补给站 2024-04-242024-04-24 15:52:01

排序、数据、优化、可视化、模型

发表了文章 2024-04-112024-04-11 16:47:07

scTCR+scRNA | APackOfTheClones - umap坐标下球形展示celltype的clone size

APackOfTheClones 是2021年的Single-cell analysis pinpoints distinct populati...

生信补给站 2024-04-112024-04-11 16:47:07

数据、clone、size、函数、可视化

发表了文章 2024-03-262024-03-26 14:17:28

RNAseq-ML | SuperPC 算法构建预后模型并预测

机器学习构建预后模型的文章很多，且越来越卷，动不动就是10种模型的101种组合，这个系列会逐一的介绍这些常用于预后模型变量筛选和模型构建的机器学习方法。

生信补给站 2024-03-262024-03-26 14:17:28

算法、机器学习、testing、模型、数据

发表了文章 2024-03-252024-03-25 16:17:38

Seurat_V5|单细胞转录组 + 蛋白，WNN方法分析单细胞多模态数据

前面Seurat V5|一个函数就能解决多种去批次方法，按需尝试提到V5的升级部分（https://satijalab.org/seurat/articles/...

生信补给站 2024-03-252024-03-25 16:17:38

可视化、数据、数据处理、adt、函数

发表了文章 2024-03-062024-03-06 10:46:47

scRNA分析| gghalves绘制单细胞数据的豆荚图/对半小提琴图

前面分别介绍过了单细胞常见的可视化方式DimPlot，FeaturePlot ，DotPlot ，VlnPlot 和 DoHeatmap的优化方式

生信补给站 2024-03-062024-03-06 10:46:47

基础、数据、图表、优化、函数

发表了文章 2023-12-262023-12-26 16:25:57

Seurat V5|当单细胞进入百万细胞时代，BPCell 给出一种“解”决参考

现在单细胞的样本量和数据量都在逐渐增多，大有百万之势，如果用电脑分析就会显的吃力。这时候Seurat V5通过调用BPCells 也许能给出一个解决方案。

生信补给站 2023-12-262023-12-26 16:26:03

对象、函数、可视化、内存、数据

发表了文章 2023-12-192023-12-19 13:14:08

Seurat V5|一个函数就能解决多种去批次方法，按需尝试

Seurat 是单细胞RNA数据分析的一个非常主流的R包，升级到当前V5版本后，会带来一些不友好的地方，但是也有一些功能上的升级，大家一定根据自己的情况和分析需...

生信补给站 2023-12-192023-12-19 13:14:13

数据处理、对象、函数、可视化、数据

发表了文章 2023-12-142023-12-14 08:39:39

RNAseq-ML|CoxBoost生存分析完成预后模型变量筛选以及预测

生信补给站 2023-12-142023-12-14 08:39:43

机器学习、变量、函数、模型、数据

发表了文章 2023-11-222023-11-22 14:27:59

RNAseq-ML|弹性网络回归算法Enet（Elastic Net）完成预后模型变量筛选-模型库+2

生信补给站 2023-11-222023-11-22 14:28:03

变量、模型、数据、算法、网络

发表了文章 2023-11-172023-11-17 20:04:46

RNAseq-ML|randomForestSRC完成随机森林生存分析-预后模型库+1

生信补给站 2023-11-172023-11-17 20:04:49

机器学习、变量、可视化、模型、数据

发表了文章 2023-11-092023-11-09 14:02:34

空转 | CellChat-V2，揭秘空间转录组数据的细胞通讯分析

仍然使用空转 | 结合scRNA完成空转spot注释（Seurat Mapping） & 彩蛋（封面的空转主图代码）推文中的空转数据进行示例展示。

生信补给站 2023-11-092023-11-09 14:02:38

数据库、对象、可视化、数据、通信

发表了文章 2023-09-262023-09-26 15:11:58

scRNA｜ComplexHeatmap自定义单细胞转录组celltype-level 热图可视化

使用之前注释过的sce.anno.RData数据，后台回复 anno 即可获取

生信补给站 2023-09-262023-09-26 15:11:58

mean、变量、函数、可视化、数据

发表了文章 2023-09-112023-09-11 18:38:43

RNAseq | IPS评分-TCIA数据库了解一下，非TCGA数据用IOBR评估

前面介绍了通过 RNAseq｜oncoPredict 药物反应预测，+基因，+分型，+模型的联合可视化预测患者对小分子药物的反应。那如果预测当前临床治疗上...

生信补给站 2023-09-112023-09-11 18:38:42

数据库、表格、可视化、模型、数据

发表了文章 2023-09-112023-09-11 18:38:02

RNAseq｜oncoPredict 药物反应预测，+基因，+分型，+模型的联合可视化

oncoPredict 是一款用来预测药物反应的R包，背景知识有很多介绍的了，这里介绍下真实的使用场景以及后续联合基因表达，分子分型或者预后模型等的联合...

生信补给站 2023-09-112023-09-11 18:38:02

数据库、可视化、模型、数据、统计

发表了文章 2023-08-252023-08-25 10:35:46

空转|CARD2-可基于基因集合进行spot注释，还可以提升到单细胞水平？

前面空转|CARD-结合scRNA解决空间转录组spot注释，还能增强空间精度？！介绍过了CARD 进行spot注释以及提升空间精度，本文介绍另外2个区别于其他...

生信补给站 2023-08-252023-08-25 10:35:46

存储、对象、集合、可视化、数据

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