R语言读入比对好的fasta文件然后做NJ树并做boostrap检验
R语言读入比对好的fasta文件然后做NJ树并做boostrap检验
用户7010445
发布于 2021-01-20 16:04:37
发布于 2021-01-20 16:04:37
今天的推文内容主要参考
- https://www.rpubs.com/michelleprem/683962
- https://fuzzyatelin.github.io/bioanth-stats/module-24/module-24.html
首先是读入数据
今天推文用到的示例数据是参考链接2中提供的
usflu.fasta，fasta文件已经比对好，R语言里读入fasta格式的数据可以使用adegenet包中的fasta2DNAbin函数
#install.packages("adegenet")
library(adegenet)
dna<-fasta2DNAbin(file = "usflu.fasta")
dna
计算距离矩阵
library(ape)
dd<-dist.dna(dna)
用到的是
ape包中的dist.dna()函数
构建NJ树
tree<-nj(dd)
用到的是
ape包中的nj()函数
ggtree进行可视化
library(ggtree)
ggtree(tree)+
geom_tiplab(size=2)
image.png
做bootstrap检验
bs.tree<-boot.phylo(tree,dna,
function(x)nj(dist.dna(x)),1000,
trees = TRUE)
将得到的bootstrap值合并到tree中
tree$node.label<-bs.tree$BP
这一步不知道对不对，好像是有问题，暂时还不知道如何验证
结果里展示bootstrap值
ggtree(tree)+
geom_tiplab(size=2)+
geom_nodelab(hjust=-0.2,size=2)
image.png
一下是之前关于ggtree的一些推送
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原始发表：2021-01-11，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
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