前往小程序,Get更优阅读体验!
立即前往
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
社区首页 >专栏 >DOCK-2-蛋白受体与配体的准备

DOCK-2-蛋白受体与配体的准备

作者头像
DrugScience
发布2021-02-04 15:02:45
6960
发布2021-02-04 15:02:45
举报
文章被收录于专栏:DrugScience
准备蛋白受体以及配体文件

使用的蛋白文件为1HTP

  • 整体蛋白显示
  • 1:去除水分子,分别将蛋白受体与其中的配体进行保存,保存格式为任意,此处保存为pdb格式
  • 2:使用chimera的dock prep插件,为受体加氢加电荷,并且保存为mol2文件
    • 保存好的受体文件,mol2格式,文件头一部分
代码语言:javascript
复制
@<TRIPOS>MOLECULE
rec-1htp.pdb
1940 1962 131 0 0
PROTEIN
AMBER ff14SB


@<TRIPOS>ATOM
      1 N         -15.3620   29.4030    8.6420 N.4       1 SER    0.1849
      2 CA        -15.0370   28.0660    9.0350 C.3       1 SER    0.0567
      3 C         -15.4370   27.6180   10.4140 C.2       1 SER    0.6163
      4 O         -14.9260   28.0030   11.4730 O.2       1 SER   -0.5722
      5 CB        -13.5600   27.8020    8.9310 C.3       1 SER    0.2596
      6 OG        -13.1880   27.9820    7.5760 O.3       1 SER   -0.6714
      7 HG        -13.8520   28.5130    7.1290 H         1 SER    0.4239
  • 3:使用chimera,为配体加氢加电荷,并且保存为mol2文件
    • 保存好的受体文件,mol2格式,文件头一部分
代码语言:javascript
复制
@<TRIPOS>MOLECULE
ligand-1htp.pdb
41 40 1 0 0
SMALL
AMBER ff14SB


@<TRIPOS>ATOM
      1 C1         -6.7080   26.0460   -4.3120 C.2       1 OSS    0.5639
      2 O1         -5.7380   26.2170   -5.0540 O.2       1 OSS   -0.5151
      3 C2         -6.6180   25.3890   -2.9330 C.3       1 OSS   -0.2074
      4 C3         -5.8860   24.0490   -2.8270 C.3       1 OSS   -0.0744
      5 C4         -6.5970   23.1970   -1.7900 C.3       1 OSS   -0.0774
      6 C5         -6.0770   23.4940   -0.4030 C.3       1 OSS   -0.0844
      7 C6         -6.8460   22.8320    0.7380 C.3       1 OSS    0.0664
      8 C7         -6.7340   21.3160    0.6660 C.3       1 OSS   -0.0884
      9 C8         -7.4320   20.4910    1.7600 C.3       1 OSS   -0.0463
本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2020-04-12,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 FindKey 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
推荐阅读
目录
  • 准备蛋白受体以及配体文件
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档