专栏首页生物信息云分子对接教程 | (5) 配体小分子的预处理

分子对接教程 | (5) 配体小分子的预处理

前面介绍了蛋白受体文件的预处理,这里处理小分子就简单多了。

同样的,打开小分子文件。我前面准备了2个格式的文件,选择其中一个,这里我选择了mol2格式的。

前面提到在选择一个分子作为配体或受体之前,必须把所有的氢都加到这个分子上。所以这里我们打开小分子文件后,加氢这一步弹出的窗口你默认就行,如果你读入的PDB格式的文件,那么在方法处选择的是noBondOrder ,默认也是noBondOrder

接下来,将分子选为配体。

输出PDBQT格式的配体文件。接下来检测一下扭转键和中心。

导出为PDBQT

我这里保存的文件名为:quercetin.pdbqt

可能有的同学还会以如下图的方式添加电荷。

但其实这一步没有必要,而且会出错,因为我们前面通过Ligand里面设置的时候,软件已经自动给我们自动处理好了。就是下图中的弹出框,比如融合了5个非极性氢。

但是,有时候,我们不手动添加电荷,按照上面的操作,有的小分子也会报错,怎么解决?官方的描述是这样的:If each ligand atom already has a ‘partial charge’ those charges are used. If not or if each of the charges is zero, ADT computes Gasteiger charges for the entire ligand. For this calculation to work correctly, the molecule must already have hydrogen atoms added, including both polar and non-polar ones, prior to this step【翻译:如果每个配体原子已经带有“部分电荷”,这些电荷就会被使用。如果不是,或者每个电荷都为零,ADT计算整个配体的Gasteiger电荷。为了使计算正确进行,在此步骤之前,分子必须已经添加了氢原子,包括极性的和非极性的。】,我么只需要记住,如果出错,那就是每个电荷都为零的情况,我们在选择作为配体之前需要计算Gasteiger电荷,具体怎么计算看下图,按照下图操作后在设置为配体

那么如果没有出错,是每个配体原子已经带有“部分电荷”的情况,在设置为配体之前,我们需要计算Gasteiger电荷吗?不需要,如果再计算Gasteiger电荷,本身原本就有部分电荷,最后对接的结合能是不一样的。只需要记住,如果设置为配体出错,再去计算Gasteiger电荷。

本文分享自微信公众号 - MedBioInfoCloud(MedBioInfoCloud),作者:DoubleHelix

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原始发表时间:2021-02-01

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