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药物和靶点相关数据库

1.BindingDB

这是一个公共收录实验测定的蛋白质-配体的结合亲 和力的数据库。 (1)实验测定的结合亲和力; (2)侧重测定候选药物靶点蛋白与小分子或 类药分子等配体的相互作用亲和力。目前含有620000 个蛋白—配体结合数据,5500 个蛋白靶点,超过 270 000 个类药小分 子。。

2.PDTD

这是一个双功能数据库,包含 已确证药物靶点、潜在药 物靶点的结构和信息。 (1)侧重收录有 3D 结构的药物靶点;(2)整合了在线服务器 TarFisDock 通过分 子对接识别潜在的结合靶点。含有1 207 个条目,包含 841 个已确定或潜在的药物靶点的 PDB 蛋白晶体结构信息。

3.DrugBank

这是一个包含详细的药物数 据和相应药物靶点信息 的生物信息学和化学信 息学综合性数据库。(1)全面的药物的化学、药理和医药相关的 数据;(2)详细的药物靶点的序列、结构和通路信 息。1985 个 FDA 批准小分子药物,204 个FDA 批准生物药,93 个保健品,超过6 000 个实验药物和超过 4 331 个非冗 余靶点蛋白序列。

4.SuperTarget

一个分析药物—靶点相 互作用的网络资源,靶点 蛋白和相应药物一站式 数据仓库。 (1)提供药物适应症、药物副作用、代谢信 息和靶点蛋白质的通路和 GO 注释等 信息; (2)收录 3 万多条药物-靶点相互作用的信息。6 219 个靶点,195 770 个化合物,282个药物—靶点相关的通路,6532 个药 物—靶点相关的本体论,63 个细胞色素。

5.TDR

。 (1)丰富的与热带疾病的病原体相关的遗传 学和药理学数据; (2)使用权值算法来计算评估靶点的成药性。448 个靶点、968 个化合物和配体。

6.PHARMACOLOGY[5

一个包含批准药物和其 它小分子的生物靶点信 息的数据库。 (1)包含几个大的药物靶点家族的信息,方 便查询; (2)提供配体的理化性质、结构、生物活性 和临床状态等信息。2 485 个药物靶点,7 个靶点家族,6 064个配体。

7.HDAPD

提供疾病相关蛋白 各种资源的数据库。 (1)包含疾病相关蛋白的 X-ray、NMR 和电 镜结构; (2)靶点的细胞组成、蛋白质功能和生物过 程信息。395 个 疾 病 相 关 蛋 白 , 256 个有X-ray/NMR 结构。

8.PharmGKB

包含遗传、基因组 学、分子和细胞表型数 据、药学基因组学研究临 床信息的知识库。 (1)包含心血管、肺、癌症等疾病、通路、 代谢等药动学和药物基因组学数据; (2)提供不同个体对药物的反应的遗传变异 数据。20000 个基因,3000 个疾病,2 500 个 药,53 条通路,470 个基因变异。

9.STITCH

检索已知的和预测的化 合物与蛋白质相互作用 关系的数据库。 (1)蛋白质—化合物的相互作用网络; (2)包含化合物结构、蛋白质序列等信息, 与BindingDB 和 PharmGKB 等数据库 建立了交叉链接。 来自 1 133 个机体的 300 000 个小分子 和 260 万个蛋白的相互作用数据。

10.TTD

基于已发表文献和 实验验证的专业的具有 治疗效用的药物靶点数 据库。 (1)收录了已成功药物靶点、临床靶点和研 究型靶点的数据,包含药物和靶点的临 床信息,定期更新。 (2)开发了靶点相似性搜索、药物相似性搜 索等工具。387 个成功靶点,723 个临床靶点和 1469 个研究型靶点;2 071 个已批准、9528 个临床试验和 17 803 个研究药物,20 278 个小分子。

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