前往小程序,Get更优阅读体验!
立即前往
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
社区首页 >专栏 >UpSet|多集合可视化,韦恩图?upSet!

UpSet|多集合可视化,韦恩图?upSet!

作者头像
生信补给站
发布2021-04-13 10:49:32
2K0
发布2021-04-13 10:49:32
举报
文章被收录于专栏:生信补给站

介绍一个R包UpSetR,专门用来集合可视化,当多集合的韦恩图不容易看的时候,就是它大展身手的时候了。

一 载入R包 数据

代码语言:javascript
复制
#安装及加载R包
#install.packages("UpSetR")
library(UpSetR) 
#载入数据集
data <- read.csv("upSet.csv",header=TRUE)
#先大致浏览一下该数据集,数据集太长,就只看前几列
head(data,6)

二 upSet集合可视化

使用UpsetR包里面的upset()函数绘制集合可视化图形。

1. 基本参数

代码语言:javascript
复制
upset(data, 
      sets = c("Action", "Adventure", "Comedy", "Drama", "Fantasy" , "Children","Crime"),#查看特定的几个集合 
      mb.ratio = c(0.55, 0.45),#控制上方条形图以及下方点图的比例 
      order.by = "freq", #如何排序,这里freq表示从大到小排序展示 
      keep.order = TRUE, #keep.order按照sets参数的顺序排序 
      number.angles = 30, #调整柱形图上数字角度 
      point.size = 2, line.size = 1, #点和线的大小 
      mainbar.y.label = "Genre Intersections", sets.x.label = "Movies Per Genre", #坐标轴名称 
      text.scale = c(1.3, 1.3, 1, 1, 1.5, 1)) #六个数字,分别控制c(intersection size title, intersection size tick labels, set size title, set size tick labels, set names, numbers above bars)

2)queries参数

queries参数分为四个部分:query, param, color, active;

query: 指定哪个query,UpSetR有内置,也可以自定义;

param: list, query作用于哪个交集

color:每个query都是一个list,里面可以设置颜色,没设置的话将调用包里默认的调色板;

active:被指定的条形图:TRUE显示颜色,FALSE在条形图顶端显示三角形;

代码语言:javascript
复制
upset(data, main.bar.color = "black", 
      queries = list(list(query = intersects,   #UpSetR 内置的intersects query
                          params = list("Drama"), ##指定作用的交集
                          color = "red", ##设置颜色,未设置会调用默认调色板
                          active = F,   # TRUE:条形图被颜色覆盖,FALSE:条形图顶端显示三角形
                          query.name = "Drama"), # 添加query图例
                     list(query = intersects,  params = list("Action", "Drama"), 
                          active =T,
                          query.name = "Emotional action"), 
                     list(query = intersects,  params = list("Drama", "Comedy","Action"),
                          color = "orange", active = T)),
      query.legend = "top")

可以看到 list("Drama") ,list("Action", "Drama") 和 list("Drama", "Comedy", "Action") 均根据 color 设置 显示了不同的颜色。

3)attribute.plots参数

添加属性图,内置有柱形图、散点图、热图等

3.1 添加柱形图和散点图

代码语言:javascript
复制
upset(data, main.bar.color = "black", 
      queries = list(list(query = intersects, params = list("Drama"), color = "red", 
                          active = F,  query.name = "Drama"),
                     list(query = intersects,  params = list("Action", "Drama"), 
                          active =T,query.name = "Emotional action"), 
                     list(query = intersects,  params = list("Drama", "Comedy","Action"), 
                          color = "orange", active = T)),  
      attribute.plots = list(gridrows = 45, #添加属性图
                             plots = list(
                                 list(plot = scatter_plot, #散点图 
                                      x = "ReleaseDate", y = "AvgRating", #横纵轴的变
                                      queries = T), #T 则显示出上面queries定义的颜色
                                 list(plot = histogram, x = "ReleaseDate", queries = F)), 
                             ncols = 2), # 添加的图分两列
      query.legend = "top") #query图例在最上方

3.2 添加箱线图

每次最多添加两个箱线图

代码语言:javascript
复制
upset(data, boxplot.summary = c("AvgRating", "ReleaseDate"))

三、参考资料

Index of /web/packages/UpSetR/vignettes

◆ ◆ ◆ ◆ ◆

精心整理(含图版)|你要的全拿走!有备无患 (R统计,ggplot2绘图,生信图形可视化汇总)

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划,分享自微信公众号。
原始发表:2021-03-24,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

本文分享自 生信补给站 微信公众号,前往查看

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划  ,欢迎热爱写作的你一起参与!

评论
登录后参与评论
0 条评论
热度
最新
推荐阅读
领券
问题归档专栏文章快讯文章归档关键词归档开发者手册归档开发者手册 Section 归档