使用Matplot进行分子可视化

前言¶

我们已经有了很多的分子可视化工具。

例如：PyMol，Chimera，JS3dmol，jmol，NGL等等。

但是在使用的过程中，我们是否真正的知晓我们所看到的是什么。

stick，surface，hydrogen bonding究竟其准确的定义以及在3D上的呈现展示形式。

正如下方的图，你可以熟练使用PyMol以及其他作图工具做出这样吸引人眼球的figure，但是你知晓其中的物理化学以及结构背景吗。

我本身没有3D可视化的编程技巧，只是一个PyMol的熟练使用者，JS3dmol的拥护者，NGL的转型者而已。

但是，在这里我希望使用最简单的作图工具Matplotlib来演示一下我们所习以为常的结构，SBDD，LBDD等等

相关细节均在

MIT license

国外 github仓库：https://github.com/ZeroDesigner/MatplotMol

国内 gitee仓库：https://gitee.com/zerodesigner/MatplotMol

由于wechat对markdown不是很支持，这里只是放几张简图：