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使用Matplot进行分子可视化

前言¶

我们已经有了很多的分子可视化工具。

例如:PyMol,Chimera,JS3dmol,jmol,NGL等等。

但是在使用的过程中,我们是否真正的知晓我们所看到的是什么。

stick,surface,hydrogen bonding究竟其准确的定义以及在3D上的呈现展示形式。

正如下方的图,你可以熟练使用PyMol以及其他作图工具做出这样吸引人眼球的figure,但是你知晓其中的物理化学以及结构背景吗。

我本身没有3D可视化的编程技巧,只是一个PyMol的熟练使用者,JS3dmol的拥护者,NGL的转型者而已。

但是,在这里我希望使用最简单的作图工具Matplotlib来演示一下我们所习以为常的结构,SBDD,LBDD等等

相关细节均在

MIT license

国外 github仓库:https://github.com/ZeroDesigner/MatplotMol

国内 gitee仓库:https://gitee.com/zerodesigner/MatplotMol

由于wechat对markdown不是很支持,这里只是放几张简图:

本文分享自微信公众号 - FindKey(DrugNote)

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2021-07-11

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