我们已经有了很多的分子可视化工具。
例如:PyMol,Chimera,JS3dmol,jmol,NGL等等。
但是在使用的过程中,我们是否真正的知晓我们所看到的是什么。
stick,surface,hydrogen bonding究竟其准确的定义以及在3D上的呈现展示形式。
正如下方的图,你可以熟练使用PyMol以及其他作图工具做出这样吸引人眼球的figure,但是你知晓其中的物理化学以及结构背景吗。
我本身没有3D可视化的编程技巧,只是一个PyMol的熟练使用者,JS3dmol的拥护者,NGL的转型者而已。
但是,在这里我希望使用最简单的作图工具Matplotlib来演示一下我们所习以为常的结构,SBDD,LBDD等等
相关细节均在
MIT license
国外 github仓库:https://github.com/ZeroDesigner/MatplotMol
国内 gitee仓库:https://gitee.com/zerodesigner/MatplotMol
由于wechat对markdown不是很支持,这里只是放几张简图: