与师兄因生信菜鸟团相识，一起做科研的故事

和师兄合作的关于鸡的泛基因组的文章，于昨天正式被告知被Molecular Biology and Evolution正式接受，其中经历了不少酸甜苦辣，此时此刻感觉心中的大石头终于可以落地。借今天的推文分享一下与师兄因生信菜鸟团相识，一起学习，一起做科研的故事。

因菜鸟团相识

记得当时我在菜鸟团写了一个群体遗传的专题，并且组建了相关的微信群进行讨论。我和师兄在2018年4月的一个晚上，因为菜鸟团的推文和微信群正式成为了微信好友。记得当时第一次谈话，大家还不是特别熟悉，简单地和师兄交流我的主要研究是关于泛基因组，他也是半信半疑地和我开始聊起，能否利用他手头上的一批数据进行一些泛基因组相关的分析。

科研的初始

在经过几次的交流后，我们就开始合作，任务分配达成了一致，我主要提供分析技术上的支持，师兄根据我的指导进行一系列的分析研究。师兄是湿实验出身的人，在生信方面没有特别多的经验，但是在我眼中他是一个特别刻苦努力的人，而且做事特别的仔细，能把每个步骤每个命令都详细记录地一清二楚。大概经历过一年左右持续不断地交流，我们基本拿到了泛基因组的初始结果，并做了一系列的群体遗传相关的分析，还有群体水平基因频率变化的分析。

进展的低谷

拿到基本的结果后，我们就可以做的故事方向进行了一系列的讨论。讨论的结果时，基本分析的内容都能可以展现出来。但是无奈的是，无法找到一个闪光点，进一步对整个故事进行升华。这个阶段大概也僵持了有一大段时间。在这段时间其中，又有一批相关的文章被发表，更多群体的测序数据也被发布。在经历过几次讨论后，我们决定死马当活马医，将更多的数据加入泛基因组中并进一步加入F2群体相关的GWAS的分析，一来增加整个文章的影响力，二来希望借更多的数据去挖掘出更多的内容。

曙光的出现

在加入更多群体的数据后和F2群体的表型进行关联后，我们的结果变得更加丰富了，能探索的内容也更加多了。还记得那天是将近晚上11点多了，我正准备休息，突然间微信中弹出师兄的对话框。他问我睡了吗，有事一定要和我分享。结果就是，在他反复地对结果进行排查和寻找后，发现了一个结构变异可能导致一个重要的基因产生表达的差异。在经历一系列的湿实验的验证之后，我们验证了该结构变异是真实存在的，并且这个变异能够对基因的表达造成影响。就这样久违的曙光终于到来，我们整个研究最亮点的地方终于找到了。

整理结果投稿

万事具备后，就要进行整理结果，写成稿件进行投稿了。因为知道有其他相关的研究者也正在做相关的研究，所以整个写稿修稿的过程都是马不停蹄的进行，生怕我们多年来的努力就付之东流了。本来属于我放松休息的圣诞假期，都被写稿和修改充满了，经历过无数次的Zoom Meeting，我们终于在2个月的时间内，将最终版本敲定，然后进行投稿。投稿的过程也不是像想象中的顺利，在投稿Nature Communication 和 Genome Biology之后，在经历过10天左右的审核时间后，都被主编以内容不合适的理由拒稿了。当时心情也是有点忐忑，感觉自己做的工作还不错，却屡屡碰壁。在和其它相关朋友交流后，咱们决定尝试一下Molecular Biology and Evolution。终于，在今年三月份我们的文章送审了，在经历漫长等待后，于4月底得知文章小修。当时心情是喜出望外，很快就把相关的问题回答后重新递交了。没想到，审稿人的拖拉，导致了小修耗时再次耗时1个半月，并于7月份得到最终的接受结果。

感想

上面就是大概整个项目从开始到结束的过程。回想起来真是每个过程都不容易，也想过放弃，也因为等待文章的结果多次没休息好。感觉很多感受也很难用文字完全描述出来。下面是自己几个感想，作为一个普通的博士生，感谢生信菜鸟团给了我一个展现自己的舞台，让我有机会认识全世界各地的学者。虽然到现在我还没有师兄见过面，但现在师兄和我的关系亦师亦友，在我读博很多阶段给予了我很多学术上和生活上的建议。我很记得师兄和我说过的一句话，曾经有人问过他，你不怕啊，和一个没有见过面的人一起合作。他说他不怕，他相信我的为人也相信我的实力。在此次合作中，和师兄在科研水平和英语写作一起进步，一起经历苦与乐，更令我觉得这份情谊是无比的珍贵。最后，有几句话送给各位做科研的朋友和伙伴，我们虽然都可能是普通的一人，但是有梦想肯努力肯坚持，你一定会得到你应有的回报的。文章具体内容，等正式发表后会再以推文的方式和大家分享。