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与师兄因生信菜鸟团相识,一起做科研的故事

和师兄合作的关于鸡的泛基因组的文章,于昨天正式被告知被Molecular Biology and Evolution正式接受,其中经历了不少酸甜苦辣,此时此刻感觉心中的大石头终于可以落地。借今天的推文分享一下与师兄因生信菜鸟团相识,一起学习,一起做科研的故事。

因菜鸟团相识

记得当时我在菜鸟团写了一个群体遗传的专题,并且组建了相关的微信群进行讨论。我和师兄在2018年4月的一个晚上,因为菜鸟团的推文和微信群正式成为了微信好友。记得当时第一次谈话,大家还不是特别熟悉,简单地和师兄交流我的主要研究是关于泛基因组,他也是半信半疑地和我开始聊起,能否利用他手头上的一批数据进行一些泛基因组相关的分析。

科研的初始

在经过几次的交流后,我们就开始合作,任务分配达成了一致,我主要提供分析技术上的支持,师兄根据我的指导进行一系列的分析研究。师兄是湿实验出身的人,在生信方面没有特别多的经验,但是在我眼中他是一个特别刻苦努力的人,而且做事特别的仔细,能把每个步骤每个命令都详细记录地一清二楚。大概经历过一年左右持续不断地交流,我们基本拿到了泛基因组的初始结果,并做了一系列的群体遗传相关的分析,还有群体水平基因频率变化的分析。

进展的低谷

拿到基本的结果后,我们就可以做的故事方向进行了一系列的讨论。讨论的结果时,基本分析的内容都能可以展现出来。但是无奈的是,无法找到一个闪光点,进一步对整个故事进行升华。这个阶段大概也僵持了有一大段时间。在这段时间其中,又有一批相关的文章被发表,更多群体的测序数据也被发布。在经历过几次讨论后,我们决定死马当活马医,将更多的数据加入泛基因组中并进一步加入F2群体相关的GWAS的分析,一来增加整个文章的影响力,二来希望借更多的数据去挖掘出更多的内容。

曙光的出现

在加入更多群体的数据后和F2群体的表型进行关联后,我们的结果变得更加丰富了,能探索的内容也更加多了。还记得那天是将近晚上11点多了,我正准备休息,突然间微信中弹出师兄的对话框。他问我睡了吗,有事一定要和我分享。结果就是,在他反复地对结果进行排查和寻找后,发现了一个结构变异可能导致一个重要的基因产生表达的差异。在经历一系列的湿实验的验证之后,我们验证了该结构变异是真实存在的,并且这个变异能够对基因的表达造成影响。就这样久违的曙光终于到来,我们整个研究最亮点的地方终于找到了。

整理结果投稿

万事具备后,就要进行整理结果,写成稿件进行投稿了。因为知道有其他相关的研究者也正在做相关的研究,所以整个写稿修稿的过程都是马不停蹄的进行,生怕我们多年来的努力就付之东流了。本来属于我放松休息的圣诞假期,都被写稿和修改充满了,经历过无数次的Zoom Meeting,我们终于在2个月的时间内,将最终版本敲定,然后进行投稿。投稿的过程也不是像想象中的顺利,在投稿Nature Communication 和 Genome Biology之后,在经历过10天左右的审核时间后,都被主编以内容不合适的理由拒稿了。当时心情也是有点忐忑,感觉自己做的工作还不错,却屡屡碰壁。在和其它相关朋友交流后,咱们决定尝试一下Molecular Biology and Evolution。终于,在今年三月份我们的文章送审了,在经历漫长等待后,于4月底得知文章小修。当时心情是喜出望外,很快就把相关的问题回答后重新递交了。没想到,审稿人的拖拉,导致了小修耗时再次耗时1个半月,并于7月份得到最终的接受结果。

感想

上面就是大概整个项目从开始到结束的过程。回想起来真是每个过程都不容易,也想过放弃,也因为等待文章的结果多次没休息好。感觉很多感受也很难用文字完全描述出来。下面是自己几个感想,作为一个普通的博士生,感谢生信菜鸟团给了我一个展现自己的舞台,让我有机会认识全世界各地的学者。虽然到现在我还没有师兄见过面,但现在师兄和我的关系亦师亦友,在我读博很多阶段给予了我很多学术上和生活上的建议。我很记得师兄和我说过的一句话,曾经有人问过他,你不怕啊,和一个没有见过面的人一起合作。他说他不怕,他相信我的为人也相信我的实力。在此次合作中,和师兄在科研水平和英语写作一起进步,一起经历苦与乐,更令我觉得这份情谊是无比的珍贵。最后,有几句话送给各位做科研的朋友和伙伴,我们虽然都可能是普通的一人,但是有梦想肯努力肯坚持,你一定会得到你应有的回报的。文章具体内容,等正式发表后会再以推文的方式和大家分享。

本文分享自微信公众号 - 生信菜鸟团(bio_123456789),作者:lakeseafly

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2021-07-28

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